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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年4月13日（金）10:00 〜 19:00
• 場所： 理研 革新知能統合研究センター（日本橋）会議室5
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	ツールの開発
11:30-12:30	ランチ
12:30-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-19:30	Galaxy Seminar #1 - From peaks to genes
19:30-	有識者会議

内容

全体

• 昨年の目標 を振り返って進捗確認
• 積み残しタスク

大田

• Pitagora Meetup 昨年度のレビュー、今後の運用と今年の目標について
• CWL 1.1 draft を確認する http://www.commonwl.org/v1.1.0-dev1/
• docker-metrics-collector テストしてます
  • https://github.com/inutano/docker-metrics-collector
• 一手詰みGalaxy
  • 候補になるツールや処理のリストアップ
  • パッケージングの手順をまとめてひとつずつquickに固められるようにする
    • Rscript を書く
    • Rscript を走らせるだけの docker コンテナをつくる
      • Docker Hub に登録する
    • コンテナをラップする
      • CWL
      • Galaxy (planemo)
        • toolshed に登録する

落合

• 自作バッチジョブエンジンのドキュメント整備
• 自作バッチジョブエンジンのコメント充実
• 自作バッチジョブエンジンの…

山中

• 飛行機に乗れなかったので現地参加。来月からはリモート参加予定。
• 浅井さん翻訳の tutorial galaxy-intro-strands レビュー
• ツールたちの Docker Container と Galaxy Wrapper メンテ開始
  • これらのコンテナと Galaxy ツールがちゃんと動く（動かなくても同じ環境を共有すればなんとかなる）というのを目指したい
  • ビョルン Docker Galaxy にこれらをインストールしてワークフローを実行するところまでスクリプト化したい（必要に応じて VM 作成）

浅井

• strands のレビューをしてもらいました。
  • strands の記事の内容です → https://docs.google.com/document/d/1E8XE-ssLpou7BHPGsMYuBQSvMhQkhhMs8j-JaGnjqAo/edit?usp=sharing
  • 教えて頂いた HackMD の使用を検討します。
• wiki の編集手伝い、始めました。
• peaks2genes のセミナーをしました。

中岡

• メタゲノム解析を中心に、これまで開発したスクリプトを Docker / Galaxy 実装するための下調べ
  • 最新の状況を聞けて大変役に立ちました。大田さんはじめ皆さん、ありがとうございました。
    • 実装を予定しているツールのほとんどは bioconda で install が可能のようなので、まずは既存プログラムを bioconda でインストールしたツールで実装して動作確認を行う。その後、Dockerfile を作成していく (菅波さんと進める)

石井

• CWL に対応した Galaxy について話をした
• 解析ツールをdockerで実行したときのメトリクスの収集方法について、大田さんに教わった docker-metrics-collector

那須野

• CWL対応版Galaxyの調査
  • https://github.com/common-workflow-language/galaxy.git
  • dev ブランチで起動できた。
  • lib/galaxy/tools/cwl/ 辺りを中心に見ているが、まだよくわからない。
  • cwltool, schema_salad のライブラリを使っているようだが…。
  • cwl-1.0 ブランチにあって dev で消えたテストコードを持ってきて動かしてみる。

丹生

• cwl-inspector をいじっていた
  • SRX ベースのワークフローエンジンが動き始めたので、cwl-inspector を改良することで conformance test を通していきたい
  • cwl-inspector のコードがカオスになりつつある

池田

• ステッカーのデザインに投票

志波

• 下記のQiita 記事を初投稿！
• バイオインフォマティクス解析環境のGalaxyをMacのDockerで動かしてみる
• 問題点
  • ToolShedからDocker版のツールをインストールしたいが確認できない
  • インタラクティブ環境で jupyter, Rstudio がうまく立ち上がらない
• リファレンス配列を楽に扱う？On-demand reference data with CVMFSはご存じですか？

菅波

• 中岡さん研究で必要なソフトウェアがBiocondaのパッケージに含んでいるか確認。
• Galaxy Introduction 講座を受講。
• 今後の予定（目標）
  • 中岡さんと同じく、Dockerfile を作成していく。
  • Galaxyについて復習

大田さん山中さん浅井さんをはじめ、みなさまありがとうございました。

新海

• 実装予定パイプラインのGATK4版が、ちゃんと動作するのか非Galaxy環境にて確認
• Picardその他の周辺ツールもGATK4に組み入れられていたので、そのかたちで記載
• 後段処理(EAGLE)についての実装も行いたい

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