主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2018年5月10日（木）10:00 〜 19:00
- 場所： 理研 革新知能統合研究センター（日本橋）会議室1
- 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。
内容
大田
石井
志波
新海
- docker版galaxyをいじる為の基礎的な勉強を行ってました
- やりたいこと：dockerイメージとして自分の実装したツールを組み込んだものを配布したい
- 記事の操作をいろいろとなぞる
- 作業履歴はいずれそのまま記事にできたら良いなぁと
池田
Galaxy ipythonの環境を実行する 志波さんありがとう。しかしまだちゃんと動かない
Planemo をDocker 環境で実行1
浅井
- 本日のセミナーの見直しをしました。
- データの取得に関する不具合を発見しましたが、一先ずなんとかなりました。
- 明日の学校での合同発表会用ポスターを作成していました。
- 今回レビューできなかった「16S Microbial Analysis with Mothur」(https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/metagenomics/tutorials/mothur-miseq-sop/tutorial.html) の翻訳に関しては来週までには終わらせてslack にあげようと思います。
田中(さ)
末竹
福与
熊谷
那須野
- Galaxyツールのデプロイ等に関する相談（末竹さん）
- 再構成システムに関する相談（大田さん、丹生さん）
丹生
- 太田さん、那須野さんと再構成の次の一手を相談
- schema salad の issue 172 の3番目を倒そうとして挫折
- codegen オプションを使うと、CWL をパースしたオブジェクトを返す Python コードが得られる
-
- 172 の 3 番目は、codegen で作成したコードはメタデータに対応していない、というもの
- 挫折理由: 現状の schema-salad の codegen では、qualifier 周りのコードがそもそも存在しない
- あきらめて自作ワークフローエンジンをいじっていた
鈴木
小寺
田中
コピペ用
