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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年6月7日（木）10:00 〜 19:00
• 場所： 株式会社アスケイド（東京都新宿区矢来町114 高橋ビル）

（ http://www.ascade.co.jp/corporation/map.html ）

• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	ツールの開発
11:30-12:30	ランチ
12:30-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-19:30	Galaxy Seminar #3 - 16S Microbial Analysis with Mothur
19:30-	有識者会議

内容

大田

• CWL-metrics の改良
  • https://inutano.github.io/cwl-metrics/
  • コンテナの実行時間を docker inspect の結果から取得するようにした
  • Workflow だけでなく単体の CommandLineTool の結果も取得できるようにした
  • リファクタリングしたりとか
• Pitagora-CWL の整理
  • https://github.com/pitagora-galaxy/cwl
  • Get Data のとこから鋭意リファクタリングとテスト用スクリプトの整備中
    • fastq-dump, pfastq-dump は済, download_sra 整備中
  • RNA-seq の workflow をゴリゴリ整備していきます
    • http://rafalab.rc.fas.harvard.edu/rnaseqbenchmark

那須野

• 先日、とある環境で Galaxy Training の Quality Control のワークフローを Galaxy 環境にセットアップする機会がありました。
  • https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/sequence-analysis/tutorials/quality-control/tutorial.html
  • ワークフローを構成するツールは FastQC と TrimGalore
  • TrimGalore は bgruening 氏が ToolShed に登録していたものを採用。→ ツール定義 XML とテストデータのみで構成、本体は別にインストール →/usr/local/binへ
  • trim_galore は内部で cutadapt が必要で、これも ToolShed からインストールした。→ しかし！ trim_galore から cutadapt への PATH が通ってないので実行できない。
• 【解決策】cutadapt の env.sh を trim_galore.xml で trim_galore コマンドの前に読み込むようにした。
  • 他の解決策としては、 cutadapt を ToolShed ではなく個別にインストールするほうがよいかも。

浅井

• 本日のセミナーのレビューをしました。
• Erasmus MC の Galaxy を利用して本日の記事の手順をやりました。
  • Erasmus MC の Galaxy ( https://bioinf-galaxian.erasmusmc.nl/galaxy/ )

丹生

• SRX ベースのワークフローエンジンの開発中
  • エラーハンドリングの処理を追加した。
  • サブコンポーネントの cwl-inspector を改良し、CWL の準拠度を若干上げた。

   15 tests passed, 69 failures, 47 unsupported features

• • cwl-inspector の破綻が近い

新海

• 一日中galaxy_dockerいじってました。
  • というかGATK4のインストール関連をひたすらやってました。
    • 普通のgalaxyはdocker版GATKが普通に動いたが、docker版はbiocontainerじゃないと受け入れないとか色々面倒が
    • broadはGATK4版はcondaでインストールを推奨しているがそれをdocker内環境とどう同居させるかとか色々面倒が、ついでに肝心のその設定ファイル(gatkcondaenv.yml)が今日は何故かnot foundとかさらに色々面倒が
      • https://github.com/broadinstitute/gatk/blob/master/scripts/gatkcondaenv.yml
• 石井さんからの情報：gatk3.4 はbiocontainerにあるので、docker in docker版はそちらでインストールテストもできるかも。
• 那須野さんからの情報：galaxyは自分でvenv動かしてる。

池田

• Planemoを利用した一手詰め環境の構築
  • 方針を決定
  • R の環境はdocker imageを利用
    • Rの呼び出し部はCWLを利用

鈴木

• MetaSUBイベント 2018/06/21(Thu) 18:30 〜 19:45 Global City Sampling Day 2018

• チュートリアル [16S Microbial Analysis with Mothur

  Processing improved sequences

  Sequence Alignment](http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/metagenomics/tutorials/mothur-miseq-sop/tutorial.html#processing-improved-sequences)

  • チュートリアル MiSeq SOP - mothur

菅波

• 中岡さんと同じく、Docker で利用する OS について、有益な情報をもらった。Ubuntu で開始し、小さいDockerの作成を目指す。
• 中岡さんHandbook Statistics 作業のお手伝い。

中岡

• Docker で利用する OS について、有益な情報をもらった。Ubuntu で開始する決意がついた。R bioconductor を多く利用したパイプラインは、もう少し考えてみる。
• スケジュールが切迫しており、Handbook Statistics の chapter の赤ペンを入れる作業を行っていた。

石井

• dockerfileの書き方などについて、コメントをよせた
• Galaxy の、トレーニングマテリアルのチェックに参加
• CWLのconformance testについて、議論した

山中

• 少しだけ浅井さんのお手伝い