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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年7月5日（木）10:00 〜 19:00
• 場所： 理研 革新知能統合研究センター（日本橋）会議室3
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	ツールの開発
11:30-12:30	ランチ
12:30-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-19:30	Galaxy Seminar #4 - 16S Microbial Analysis with Mothur Part.2
19:30-	有識者会議

内容

大田

• 生きて日本に戻った
  • 時差ボケでしんどかったので寝ないようにずっと喋っていた
  • 東海林さんからFPGAのお話を聞いておもしろかった
  • 時代はWDL
• GCCBOSC の情報共有をしたりしました
  • cwl-metrics の動かし方を那須野さんに伝授した
  • Training material の translation について共有
• 菅波さんの docker container 化のお手伝い

石井

• Galaxy のトレーニングマテリアルの、翻訳方法についてコメントをした
• yacleの実装を少し進める

東海林

初顔合わせということで、自己紹介をさせていただきました。

意見交換とCPU,GPU,FPGA,ASICの違いなど計算機についての初歩の説明をしました。

鈴木

• training-material Analyses of metagenomics data - The global picture の 翻訳版 のレビューに参加しました。

那須野

• 大田さんの https://inutano.github.io/cwl-metrics/ のハンズオン
  • 併せて、ワークフロー実行履歴の可視化についても議論、アドバイスをいただいた。
• IIBMP2018 の演題を志波さん、丹生さんと検討。

菅波

中岡さん研究で使用する解析用のdockerfileを作成。（一部） [イメージ：ubuntu ・sratoolkitをダウンロード ・pythonで解析 ] 大田さんに確認していただき、修正の上より良い書き方を教えていただきました。ありがとうございます。 教えていただいた方法も取り入れて仕上げたいです。

丹生

• 大田先生、那須野さんとワークフロー実行の可視化、メトリクスに関する議論
• IIBMP 2018 のタイトルと内容に関する相談
• cwl-inspector の書き換え中 (refactor ブランチ)
  • JSExpression のパース部分は完了
    • 結局ほぼ完全な JS のパーサが必要
    • 現状で、コード全体の約2割を占める。つらい。
  • docker のボリュームマウント周りができればほぼ完了
  • job file のフォーマットに関する仕様が存在しない？
    • File, Directory の仕様はあるが、enum/dependent/exclusive param の仕様がない

浅井

• Qiitaの記事（ https://qiita.com/Atsushi_A/items/75e1bb61005c3c4214b9 ）を部分的に更新しました。
• 今回のセミナーの記事（ https://github.com/A-Asai/training-material/blob/master/topics/metagenomics/tutorials/mothur-miseq-sop/tutorial_ja_notag.md ）を見直しました。
• メタゲノミクスのもう一つの記事（ https://github.com/A-Asai/training-material/blob/master/topics/metagenomics/tutorials/general-tutorial/tutorial_ja.md ）も翻訳したので、レビューよろしくお願いします。

志波

• IIBMP2018の演題調整
• 先月以下の記事を執筆した
  • 特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成してみる - Qiita

新海

• IIBMP2018についての相談
• 志波さんと那須野さんからdocker in dockerに関してのヒントを頂いたので実装テスト
• docker in docker 非使用でのgalaxy内gatkの動作はうまくいった
  • buildして配布できるようなかたちにはなりました
• 後でqiita書きたい

山中

• 生きてタイで暮らしている
• training materials: metagenomics general レビュー
• Wiki に training materials のページを作る

池田

Galaxy tool の XML関してQiitaに投稿

Galaxy toolのXML schemaについて(https://qiita.com/percipere/private/1d386f2f396e534cd49d)

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