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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年8月6日（月）10:00 〜 19:00
• 場所： 理研 革新知能統合研究センター（日本橋）会議室5
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	ツールの開発
11:30-12:30	ランチ
12:30-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-	有識者会議

内容

大田

• Pitagora の紹介など
• CWL-metrics のログデータを整理したり共有したり
• CWL で書いたワークフローが順調に動いたり動かなかったりしている
• 論文をかき揚げ

末竹

• そこそこ有名な bioinfo tool の shell の install script を延々と書いてた。
• Docker container の軽量化を手伝った。

小坂

• サービス開発の調査
• 大田・山中にヒアリング

佐藤

• ゲノム解析のツールに何があるか。また、推奨されている/されていないツールなど。
• ツールのパイプライン自動作成のための手段。GALUDAサービスを使うと良いそうだ。
• プログラミング言語の話題。Proof SummitやML Day, ProofCafeやCoqの勉強会などの情報を提供した。

那須野

• IIBMP2018に参加登録しました。
  • 発表内容に関連して、Galaxy Training > Galaxy Server administration ページの充実ぶりに感心。
  • http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/admin/
• 大田さんから CWL-metrics で取得したデータを共有させていただき、Elasticsearch の migration 作業を完了。
• 石井さんからオンデマンドクラウドサービスの使い方でフィードバックをいただきました。

新海

• galaxy docker内でパイプランを一通り走らせるのは完了
• docker in dockerでgalaxy内ツールを動かす件について勉強中
  • 公式ドキュメント内の作業を試す等
    • https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable#auto-exec-tools-in-docker

浅井

• qiita にて“Introduction to Genomics and Galaxy”の補足記事を作成していました。
  • https://qiita.com/Atsushi_A/items/a3b9fe5ea9c573f411d5

池田

Galaxy toolのXML schemaについての続編

• Galaxy toolのXML schemaの入力パラメータの設定 https://qiita.com/percipere/private/afd7ed4e123c21d048d5
• Galaxy ToolsのXML Schema について https://qiita.com/percipere/private/153b03f6bbf14dbb1239

丹生

• 茶ひよこを届けに来た
• 佐藤さんに D 言語のアピールをした
• ワークフローエンジンいじり
  • 現状: 31 tests passed, 61 failures, 40 unsupported features
  • 残り (大きくて見えているもの)
    • enum 対応
    • extension 対応
    • foo.cwl#bar 対応
    • 入力無しで動くワークフローステップ対応

石井

• Workflow Dev Meetup の 宣伝 (8/13-8/17 @ 日本橋, 17日は14:00まで)
  • https://github.com/manabuishii/workflow-meetup/wiki/20180813-17

松尾

• 有識者会議に参加する目的で、少し早めに来てみました。
• 社内の業務用にGalaxyサーバ立てて使ってます。そのDockerイメージを使って色々試してます。
• DRY解析教本をなぞってやってみているところ
• 必要なツールをTool Shedで入れている

中岡

• 教えを請いに来た
  • Docker の軽量化など
  • 腸内細菌について話をした (よかった)

菅波

作成したdockerイメージ（vsearch)の軽量化についてご相談→ 末竹さんがAlpineベースで作り直していただきました。ありがとうございました。conda周りが重いので、from alpine-javajdk等からインストールが良いかも　とのことですので、後ほど自分でも動作確認もしつつ試してみたいと思います。 https://hub.docker.com/r/petadimensionlab/docker_16s_vsearch/

iibmp2018用に作成したスライドについて大田さんにご相談→問題点・まとめをもう少し増やす（dockerを使わなかった場合の苦労等）

鈴木（ひ）

• Introduction to Genomics and Galaxyを使ってgalaxyについて色々教えてもらった
• 多くの人と繋がりができた（とてもよかった）

山中

• Wrap-up only

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