主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2018年9月3日（月）10:00 〜 19:00
- 場所： 日本オラクル（外苑前）＊ 詳細はメール等で個別にご案内致します。
- 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp / 山中 ryota.yamanaka [at] oracle.com
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
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| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-12:30 |
ツールの開発 |
| 12:30-13:30 |
ランチ |
| 12:30-18:00 |
ツールの開発 |
| 18:00-18:30 |
今日のまとめ （Skype 参加可） |
| 18:30- |
有識者会議 |
お茶室の見学もあるかも
[](/File:Aaa.jpg "wikilink")
内容
大田
- コラボレータに docker + CWL のワークフローを渡して動かしてもらっている
- 論文の図を描いている
- 再現性の高い図 (diagram) の描き方がほしい
- パワポとかイラレとか二度と同じ図が書けないツールを使いたくない
- 色々な方とお話をした
- 茶室を見た
菅波
- 本日も作成して来た、スライドを大田さんに確認していただき、修正。
- →URLの記載場所の変更・vsearchの仕組みについてを修正。最後の考察と今後についても追記要かも。
- 発表のリハをさせていただき、不要な点・必要な点（質問されるであろう点）についてご指摘いただきました。
- →なぜvsearchを選択したのか。そもそも細菌叢解析ツール三種類（QIIME・Mothur・vsearch）の記載は必要か。について再度検討する。
- →dockerの説明について、イメージの部分は不要かも？？言い回しによって回避・もしくは削除なり変更なりし概要のみの説明とする。
- →最後の考察と今後（２枚目）について 自分の目標ではなく、他者（聴衆）への”ご提案例”に変えてみる。（例：docker使えないかたへ。Google Colaboratoryはどうでしょう？）
- みなさま。ありがとうございました。もうすこし修行して参ります。
- 茶室みました。オラクル感動しました。
佐藤
- galaxyの操作で分からなかったことを質問しました
- 例１：データの削除操作(これ、以外と分かりにくい…)
- 例２：galaxyからworkflowの操作・あるいはgalaxyのhistoryからworkflowの抽出など
- 参加者の持参しているPCのOSを確認した(13/14人macだった)
- tophatとhisat2と出力結果が大きく違う理由を質問
- 山中さんと、これからの仕事・業務に関することの相談
那須野
- IIBMP2018 発表の準備「Galaxyをユーザに提供する > クラウド環境でGalaxyを利用する」
- ワークフローの実行履歴の可視化ツール（実行時間、クラウド料金を比較できて、Kibana Visualizeと連携）の成果物を大田さんに見せた。
山中
鈴木ひろあき
- galaxy: A-Asai/training-material のチュートリアルを完了した
- cwl: pitagora-galaxy/cwl でhello worldまで
末竹
浅井
池田
- iibmp2018の発表内容検討…
- 東海林さんと意見交換
東海林
落合
鈴木治夫
藥師寺
山口
コピペ用
