events

主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年12月3日（月）11:00 〜 19:00
• 場所： 東京都板橋区前野町 貸会議室
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

今回は会議室のスペースに限りがあるため、初めて参加される方はオーガナイザーまでご連絡ください。

11:00-11:15	今日の作業確認
11:15-13:00	ツールの開発
13:00-14:00	ランチ
14:00-18:00	ツールの開発
18:00-19:00	今日のまとめ　（Skype 参加可）
19:00-	有識者会議

内容

池田

• Galaxy Advent Calender 記事の執筆

https://usegalaxy.org/　のworkflowの動作が若干変? Run したJobがHistoryに現れない…

那須野

• GA4GH (Global Alliance for Genomics and Health) の Workflow Execution Service (WES) API の概要を確認した。
  • https://www.ga4gh.org/genomic-data-toolkit/
  • https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas
  • 異なるプラットフォーム、クラウド環境で単一のワークフローを実行するためのAPIを規定している。
  • 他に、いくつかのGA4GHデータアクセスAPI
• Galaxy Advent Calendar 2018 に執筆表明した。 12/22 (木)
  • IIBMP2018のスライドから「クラウド環境でGalaxyを利用する」 を書く予定。
• CWL metrics と Galaxy (Telegraf + VCP) を組み合わせて使うためのメタデータ項目整理
  • あまり進捗無し。

大田

• CWL Workshop 12/6 の organize とか
  • https://pitagora-network.org/events/
• Invitation office work とか
• CWL workshop のスライド作ったりとか

丹生

• Michael に仕様について色々話した。
• Advent Calendar 兼 CWL workshop ネタの conformance test #1 の記事を書いていた (12/14-12/17)
  • 12/14-12/16 までは書けた！
    • 12/14: https://qiita.com/tm_tn/private/d838989e10849866b8bf
    • 12/15: https://qiita.com/tm_tn/private/d49195d1c06143fee5c2
    • 12/16: https://qiita.com/tm_tn/private/d0cb50bf8ec3abe5d87d
    • 12/17(未完成): https://qiita.com/tm_tn/private/a32064f01769bb05f45d

鈴木治夫

• Galaxy Advent Calendar 2018の記事の執筆。Galaxyの公共サーバ（概要）

山中

• カレンダーの一日目を書いた => はじめよう Galaxy！（2018年版）
• Pero さんと話した
• Galaxy Australasia Meeting #2 について考えた（バンコクで誰かと話してみます）

浅井

• Advent Calendar 3日目の記事を作成して公開しました。
  • https://qiita.com/Atsushi_A/items/0bb839234a9eecb5b43b
• docker galaxy にツールを入れました。

松尾

• 近況：会社の解析チームで社内Galaxyの活用してます（インターンの子に教えやすい）
  • 浅井さんにレクチャーもしてもらいました。
• 今日やったこと：CWLの資料読んで、CWLの動作環境の構築

Michael Crusoe

• First time in Japan. Navigated public transit to hotel and the meetup venue.
  • First onsen!
  • Still awake at 18:40.
• Worked on schedule for this week with Tazro.
  • Discussed potential BioComputeObject US/EU/Japan cooperation.
• Worked with Tanjo-san and learned that our first CWL conformance test is very unfriendly, a little wrong, and a more than a little mean to CWL implementers!
  • https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/issues/805
  • https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/issues/806
  • https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/issues/807
• Reviewed https://github.com/common-workflow-language/cwltool/pull/995

Pero from Docomo Innovations

コピペ用