Pitagora Meetup 2019-01
今年もよろしくお願いします！
概要
- 日時： 2019年1月7日（月）10:00 〜 18:30
- 場所： 慶応大学三田キャンパス東館４階オープンラボ
- 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-11:30 |
開発とディスカッション |
| 11:30-12:30 |
ランチ |
| 12:30-18:00 |
開発とディスカッション |
| 18:00-18:30 |
ラップアップ |
| 18:30- |
有識者会議 |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
ブランド名がかわった
- Pitagora Galaxy から、Pitagora Network に
- Galaxyに限らず CWL などの別フレームワーク、クラウドなどのインフラまで
- データ解析に関わる研究者、エンジニアの日々をハッピーにするというゴールはそのまま
大田
- Pitagora Galaxy は Pitagora Network に
- https://pitagora-network.org/events/
- wiki を GitHub pages に徐々に移行していきたい
- メールボックスが破滅していた
- 頼まれ仕事で論文を漁っていた
- GitHubから大量に来ていたrackのsecurity issuesを潰していた
- WF実行システムの設計について考えたり喋ったりした w/ すえたけさんなすのさん
- 非公開データを使うデータ解析のためのシステム
- ユーザはワークフローと使うデータを指定するだけ
- データが外に出ることなく安全にデータ解析できます
松尾
- CWLの勉強
- Advent Calenderを読んだ（勉強になりました）
- rabix-composer上で既存のCWLを読んでみた
- FASTQCを書いてみた
- 目標：
- 社内解析の効率化（クラウド活用など）
- 今年はAdvent Calenderに書けるようになろう
末竹
- 久し振りに午前中から活動した
- WF 実行システムの設計について考えたり喋ったりした
- https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas
- https://github.com/suecharo/SAPPORO
- WF 実行システムの実装を進めていた
- Post request で Workflow を実行できる部分まで書いた
丹生
- LSP for CWL の作業をしていた
- Language Server を書くためのライブラリの不備を報告したら修正してもらったので確認していた。
- https://github.com/common-workflow-language/cwl-language-server の sandbox branch
- Emacs の LSP クライアントの Eglot 上で、
cwlVersion の後の v1.0 などを補完できることを確認した。
- 手順は sandbox の README.md を参照
- おれたちの戦いはこれからだ！
那須野
- cwl-metrics と Galaxy (Telegraf + VCP) で共通のデータ形式で扱えるようにするための方式検討作業。
- 最新の cwl-log-generator の出力仕様を確認。
- Galaxy workflow の開始・終了時刻は workflow_invocation テーブルで取得できそう。
- 各ステップの開始時刻は無理そう。（終了時刻はわかる）
- DBアクセスするタイミングがあるのか、が問題。
池田
- Galaxy Advent Calendar に記事を追加
石井
- Advent Calendarの記事をうめてもらった
- LSP for CWL の開発に参加。
- エディタごとのLSPのプラグインは、そもそも、以下の２種類がある。
- １つの実装で、いろいろな言語に対応できるタイプのもの(lsp-mode.el, Eglot.el とか)
- １つの実装で、１つの言語に対応できる(lsp-java)
- vim で動くかテストしたい
鈴木治夫
山中