Pitagora Meetup 2019-04
概要
- 日時： 2019年4月4日（木）10:00 〜 18:00
- 場所： 慶應義塾大学三田キャンパス (三田) 東館4階オープンラボ
- 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-13:00 |
開発とディスカッション |
| 13:00-14:00 |
ランチ |
| 14:00-17:30 |
開発とディスカッション |
| 17:30-18:00 |
ラップアップ |
| 18:00- |
有識者会議 |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
平成最後のピタゴラミートアップです。
- 参加者 (物理): 8人
- 参加者 (遠隔): 2人
鈴木
梅田
- 生命科学データ解析を支える情報技術を読んで、紹介されている解析環境を構築した。
那須野
- 梅田さん、松尾さん、大田さんとお話
- Singularity のメトリクス取得方法について調査、検討。
- 実際にコンテナ実行中の
/proc/$PID/ 配下をチェックしてみるなど
- telegraf で取るなら procstat plugin 辺りが使えるのではないか
- Singularityにおける container id とは？
https://www.sylabs.io/guides/3.1/user-guide/cli/singularity_oci_run.html
- 本日、実は有休です
大田
- 梅田さんのお話を聞いた、ぜひがんばってスキルを伸ばしてほしい！
- 新規開発案件の仕様書を書いた :bow:
- 丹生さんのep3をEC2でテストした
- ちゃんと動いたがインスタンスが非力すぎて(mem=2GB)Kallistoが落ちた
- 某教科書第二版CWL化プロジェクト
- ドキュメント書いた
- 参加者募集中です
- ワークフローの日本語解析記事を読んでCWLを書くだけの簡単なお仕事です
- 志波さんの書いた原稿を読んでQiimeの闇を見た
- Qiime2コンテナはあるのでなんとかなる（なれ）
-
https://hub.docker.com/r/qiime2/core
志波
- Galaxyで複雑なワークフローを組んだ
- 2つのファイルをマージしてawkで計算、染色体名置換など
丹生
- cwl-log-generator に Issue や Pull Request を送った
- ついに ep3 (SRX ベースのワークフローエンジン)に大田さんと那須野さんを巻き込んだ
- まだ公開範囲は CREST プロジェクトメンバーのみ
- 動いた！
- 速攻バグ報告してもらった。やったぜ。
- URI 周りでバグを踏んでもらった
- インストール方法などに課題
- 依存関係が多い (
jq, ruby, fluentd, …)
- 必要なものをまるごと
make でビルドさせるほうがマシか？
- 早く公開したい
池田
- コンテナ化された root 権限でしか動作しないツールの倒し方を検討した
-uを利用してUser IDをroot以外に変更するとツールが動作しない
- 原因: /root/内のモジュールを利用しているため
- 返り討ちにあったかも…
松尾
- 那須野さんにご相談
- 解析プロジェクトの効率化をやりたい
- 必要なのは「解析者がちゃんと履歴を書き溜める」ことなど
- まずは定型化と、地道なシステム系の啓蒙活動からか
- Galaxyの無駄データを消すやり方を教えてもらった
- ディスク逼迫していたのですごく助かりました！
- 調べたら、案件でなくテストで使ったデータが殆ど。。。
- 山中）これ、４年前に書かれた SQL ですね。。。
- 松尾）↑マジですか。SQL自体はちゃんと動いたっぽいです。
- 山中）むしろ、4,873 アクセスに驚きました。。。
- 松尾）それだけニーズがあるということでしょうね。
This page was last modified on 24 April 2015, at 12:00.
This page has been accessed 4,873 times.
山中
- 浅井さんの「卒業」後、そのワークフローを再現できるか試す
- コンテナは取ってこれるけど以下を要解決
- 設定ファイル（galaxy.yml job_conf.xml tool_conf.xml）の手作業による書換
- Dockerfile でツールを Tool Shed から取ってくるようにする
- MetaSUB in Bangkok に向けて準備
- Pitagora in Bangkok に向けて準備
末竹
- ロスのラーメンについて調べていた
- BOSC に行きたいと思っているけど、お金がないためどうすればいいか調べていた