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Pitagora Meetup 2019-06

概要

• 日時： 2019年6月26日（水）10:00 〜 18:00
• 場所： ライフサイエンス統合データベースセンター @ 柏の葉キャンパス
  • アクセス: http://dbcls.rois.ac.jp/access.html
  • エレベーターで６階まで行き、扉入って右の通路を奥に行って右手にある教室が会場です。
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
    • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

参加者: 3名

大田

• 某データベースシステム開発の相談 w/ 那須野さん&末竹さん(リモート)
• Björn Docker で Interactive Environment (IE, JupyterとかRstudioとか) を使いたい
  • 結論: 頑張ったができなかった
  • 使ったもの:
    • https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable
    • OSX
  • やったこと:
    • IEはコンテナで動くので Docker in Docker on Docker Desktop for Mac になる
    • /etc/supervisor/conf.d/galaxy.conf の s/aufs/overlay2/ で動くようにはなる
    • 公式の手順 に従って --privileged をつける => だめ
    • 横Docker でもだめ
    • 志波さんのqiita を参考にして動かしてもだめ
    • 19:01 とか 18:05 とか別のタグ使ってもだめ
  • なぜ？
    • IEのために起動したコンテナ(Jupyterとか)が内部で起動するが、Galaxyに接続できずにtimeoutして死ぬ
    • “If your IE does not open, please make sure you open your Galaxy instance with your hostname or a FQDN, but not with localhost or 127.0.0.1” とあるので <マシン名>.local:8080 で Galaxy 開いてみたがだめ
    • なんなら Linux (AWS ubuntu 18.04) でもだめだった
  • どうする？
    • issue建てるしかない

浅井

• Docker Galaxy 上でRを使えるようにして、RでHello Worldを出力するツールを実装した。
  • 大田さんと那須野さんにお手伝いして頂いた。
  • xmlファイルの 欄にて、interpreter="R" を消してhelloworld_r.R の前に $__tool_directory__/ をつけたらうまくいった。
• Docker Galaxy 上でjupyterを使いたかった（ダメだった）。

那須野

• しばらく Galaxy の最新状況を追っていなかったので、チェックしてみた。
• bgruening/galaxy-stable Dockerイメージ
  • 19.01 は Ubuntu:14.04 をベースにした最後のリリースで、 19.05 で Ubuntu:18.04 になる予定らしい。

    $ docker run --rm -ti bgruening/galaxy-stable:latest lsb_release -a
    No LSB modules are available.
    Distributor ID:	Ubuntu
    Description:	Ubuntu 14.04.6 LTS
    Release:	14.04
    Codename:	trusty
    
    $ docker run --rm -ti bgruening/galaxy-stable:19.01 lsb_release -a
    No LSB modules are available.
    Distributor ID:	Ubuntu
    Description:	Ubuntu 14.04.6 LTS
    Release:	14.04
    Codename:	trusty
    

  • （コンテナ内で複数のデーモンプロセスを管理するための）Supervisorは v4.0.0 (2019-04-05) で Python 3 に対応したが、このイメージでは Ubuntu:14.04 のパッケージに含まれる v3.0b2 が使われている。
  • 可視化 > インタラクティブ環境で、docker-jupyter-notebook:17.09 が動かせることがわかった。
    • 起動しない orz
    • docker-rstudio-notebook:17.01 も同様に起動しない orz
    • FQDNをGalaxyに割り当てる必要がありそう？
      • Docker for Mac の docker-in-docker 環境だと無理？
      • https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable#enabling-interactive-environments-in-galaxy–toc