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Pitagora Meetup 2019-11

概要

• 日時： 2019年11月11日（月）10:00 〜 18:00
• 場所： 慶應義塾大学 三田キャンパス 東館 4階オープンラボ
• 連絡先：
  • 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
  • 鈴木 haruo [at] sfc.keio.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	開発とディスカッション
11:30-12:30	ランチ
12:30-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
    • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者(物理): 11人

鈴木

• NCBI ASSEMBLY_REPORTS NCBIのゲノム配列を取得し、16S rRNA遺伝子の配列を抽出し、多重配列アライメントと系統樹を作成する手順
• 授業「生命動態のデータサイエンス (GIGA)」
• 授業「バイオインフォマティクスのデータサイエンス」
  • 石井学 氏の特別講演「Git for Scientists」

大田

• 全然ピタゴラっぽくないことばかりやっていた
• BioSample (サンプルメタデータの公共DB)
  • DBCLS 同僚の池田さんとオントロジーマッピングのためのツール Zooma を叩いて遊んでいた
  • 何もしてないのに Zooma が壊れた
  • 沖さんに以前やった人力キュレーションの結果をレビューしてもらった
  • 同じく BioSample のキュレーションをやっている microbedb.jp の藤澤さんとマッピングについての話
    • 詳しくは明後日の Annotathon @ DBCLS柏にて
• 臨床DB
  • 閉鎖系で動くデータベースシステムの次期バージョンの設計をしていた w/ 那須野さん末竹さん
• 次のミートアップ
  • 12/9 @ 日本橋
  • 12/12 @ 福岡天神(仮)

松平

• ラクトバチルスのゲノム配列解析をしていた
• ゲノムを取り込んで系統樹を書いていた
  • MAFFT
  • 統合TV見たりして
  • https://github.com/haruosuz/bioinfo/blob/master/2019/CaseStudy.md#ncbi-assembly_reports
• 「Finderが汚くなったのでキレイにしたい」

池田(DBCLS)

• BioSample
  • RNA-seq サンプルのアノテーションをオントロジーマッピングするための方針設定
    • EBI の BioSample API からアノテーションを取得
    • バリューの文字列を Zooma のクエリとしマッピング先候補の取得 ここまではシェルスクリプト
    • Zooma の付けている propertyType などの情報をもとに候補を選抜 ここを詰める必要がある Zooma API をハックしている際に犬さんが Zooma を壊しました 複数クエリを一括で POST する方法があった(API の Documentation には未記載)が使いにくそう？
    • 人力チェック
  • 他の TODO
    • 対象の RNA-seq サンプルの収集
    • オントロジーマップするアトリビュートの選定 まず cell line でやっているが、他に treatment, culture, disease, …?

新海

• 鈴木さんにメタゲノム解析の基本について質問、参考資料をいくつか教えて貰う
  • https://biosciencedbc.jp/gadget/human/170831_mori_170830.pdf
  • https://www.amazon.co.jp/%E9%80%B2%E5%8C%96%E3%81%A7%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%A7%A3%E3%81%8F-%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E5%85%A5%E9%96%80-%E9%95%B7%E7%94%B0-%E7%9B%B4%E6%A8%B9/dp/4627261411
    • ちゃんとやるのなら進化の部分を勉強しないと、とのこと
• 那須野さんにOracle Cloudの話聞く
  • 無料のやつ自分も欲しかったなー

沖

• 大田さんと池田さんによって Zooma にマッピングされた ChIP-Atlas の細胞名をチェックした。
• Zooma が Good と判定したオントロジーは結構あっていることがわかった。

那須野

• 某所の臨床DB案件に関する方式検討 (w/大田さん、末竹さん)
  • Elasticsearchで頑張るか、あるいはGraphQLを使うことも検討中だが、最近はグラフDBのストアには何を使うのがよいのでしょう？
• 新海さんにOracle Cloudを紹介
  • 日本語ドキュメント https://docs.oracle.com/cd/E97706_01/Content/home.htm

松尾

• 遺伝研のスパコンにて、自社開発の解析処理のワークフローを動かそうとしています。
• 末竹君が色々整備してくれたので、その手順をトレースしつつ内容の理解を進めていました。
  • Docker Imageのビルドが終わらない。。。えぐい
  • リファレンスゲノムどうにかならないか
    • 環境移行するたびに準備するのがめんどい
    • まあ、そういうものですか

末竹

• 某所の臨床DB案件に関する方式検討 (w/大田さん、那須野さん)
• bash で書かれた Pipeline を python で書かれたオレオレ workflow に書き直す仕事をしていた
  • ノウハウがかなり溜まった
    • advent calendar の方に後ほど書いていく
  • 遺伝研スパコンで今度実行してみる
• 来週の BH に向けての準備
  • SAPPORO を ddbj に移管
• 修論辛い

池田

• Salmonの利用方法について調べていた
  • TRANSCRIPTOMEに相似な配列がある場合にどのように処理されるの？
    • 誰かわかる人がいたら教えて下さい。

藤澤

• はじめまして
  • 自己紹介 MicrobeDB.jp／DDBJ
• ddbj githubレポジトリのレポジトリ作成の権限を変更した
• 停電の連絡対応をした
• OpenRefineの最新情報を調べていた
  • RDF extensionがアップデートしていたので確認する
  • OpenRefineを外側から叩くテスト
    • OpenRefine Python Client with extended command line interface
      • プロジェクト指定の仕方がわからない

./openrefine-client_0-3-8_macos.dms --create test_temperature.tsv
./openrefine-client_0-3-8_macos.dms --info 1737084834451
./openrefine-client_0-3-8_macos.dms --id ? --apply operation.json