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Pitagora Meetup 2019-12

概要

• 日時： 2019年12月09日（月）10:00 〜 19:00
• 場所： 理化学研究所 革新知能統合研究センター (日本橋) 会議室3
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-11:30	開発とディスカッション
11:30-12:30	ランチ
12:30-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
    • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者:
  • 物理: 11人
  • エア: 1人

大田

• DAT2-CWL のワークフローのテストをしています
  • 本番データを使ったテストは実行時間が長いのでつらい
  • cwltool --cachedir を使ってなんとか頑張っているが…
  • どうしたものか

山中

• サラリーマンとして Pitagora Meetup に参加
• 来年 Meetup でなにをしようか考えていました
  • 初心に戻ってグラフ分析関連 Galaxy ツールを作る
    • networkX のアルゴリズムとか？
  • あと、翻訳のやつはやりたいです
• 来月も参加したいと思います

鈴木

Galaxy Advent Calendar 2019 書きます。 Galaxy Training! Metagenomics を試してみます。

まず、「Material」で行「Antibiotic resistance detection」の列「Galaxy instances」の地球マークをクリックし表示されたリンク https://nanopore.usegalaxy.eu/ https://usegalaxy.eu/ 先のページはいずれも以下のメッセージを出力しました。 502 Backend Unresponsive, please try again

次に、「Galaxy instances」下のコマンドを叩きました。

docker run -d -p 8080:80 quay.io/galaxy/metagenomics-training

http://localhost:8080 (User ‘admin@galaxy.org’; PW: ‘admin’)

松平

• 系統樹の作成プログラムのデバッグをしている

新海

• 自分の仕事をしていました
• ag を知った

那須野

• （途中抜けたためほとんど活動できてませんが、）藤澤さんと Docker Compose でのWebサービス運用についてお話。

藤澤

• 午後から参加
• 那須野さんとdocker-composeでのサービス運用とデータ更新についてご相談
• MicrobeDB.jp ver.3公開予定のdocker-compose本番サーバ構築でつまずいているところ
  • ruby2.4/rails5.1/node11.xコンテナビルド時のbundle install
• DRA-JGA Convert/Importを並列化／自動化をしたい

菅波

• 午後から夕方まで（途中で帰ります。）
• Galaxy Advent Calendar 2019書きに来ました。
  • IIBMP2019（Docker）の発表に毛が生えた内容を書きに来ました。
• Docker-composeについて独学で調べたのでそれについての記事も書きに来ました。（至らない点がありましたらご指摘てください・・）
  • Docker-composeを使ってみよう
  • Docker-composeで解析（RNAseq)

池田

• Galaxy Advent Calendar 2019に記事を追記
• Galaxy Release v19.09が出たよ その1

松尾（エア）

• 子供に風邪をうつされたので、一人喫茶店で作業をしていた
• 遺伝研環境でSingularity動かしたりしている
• アドベントカレンダー書きます

丹生

• PR がマージされたので DAT2-cwl の動作確認
  • 一部のツールの仕様が変わっていたので対応
  • secondaryFiles 滅ぼすべし
• Advent Calendar の記事が公開された
  • (12/7) 雑に始めるCWL！をもっと雑に始めたい
    • zatsu-cwl-generator の話
  • (12/8) 指先一つで立ち上げる CWL ツール・ワークフロー作成環境
    • CWL 用の VSCode テンプレートの話
    • これからは「contribute して欲しかったら .devcontainer 提供しろ」くらいは言っても許されると思う
• Catalina にアップデートした影響か、Byobu で new-session などが全く効かなくなった
  • byobu-enable してるせいで、複数セッションが開けない & どのターミナルを開いても同じセッションしか表示されないというつらい状況
  • 画面分割もできない…
• DAT2-cwl のテストの待ち時間中に、zatsu-cwl-generator 開発のベースにしているD言語開発環境用テンプレートを修正していた
  • (未コミット) デバッガ+ブレークポイントサポートの追加

末竹

• 戸締まり担当 (ありがとうございます！)
• 大学で修論を書いていた