今回は Kyushu Bioinformatics Community (KBC) との交流を目的とした福岡での開催です！
また、今回は InterCloud-CREST のサポートを受けています。InterCloud-CREST で開発している Academic InterCloud の技術開発に関するトーク「Academic InterCloud と CWL」をお願いしています。
途中参加、途中退出は自由です。ランチの時間は部屋に誰もいなくなる可能性があるので、施錠の関係上、この前後にお越し頂けるとスムーズです。
| Time | |
|---|---|
| 10:00-10:15 | 今日の作業確認 |
| 10:15-11:30 | 開発とディスカッション |
| 11:30-12:30 | ランチ |
| 12:30-13:30 | InterCloud presentation |
| 13:30-16:30 | 開発とディスカッション |
| 16:30-17:00 | ラップアップ |
| 17:00- | 有識者会議 |
test.yml や Github Actions の設定修正も含まれているzatsu-cwl-generator を使うと一瞬で coding 部分が終わってしまう.tbi を生成するツールがあったため、後続ステップでエラーにならないと気づけない実行手順メモ：
docker run --privileged -tid --name dind -v $(pwd):/mnt docker:19.03.5-dind
docker exec -ti dind sh
/mnt # cat «EOF > ./cwltool #!/bin/sh docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v /tmp:/tmp -v “$PWD”:”$PWD” -w=”$PWD” commonworkflowlanguage/cwltool “$@” EOF
/mnt # vi head.cwl cwlVersion: v1.0 class: CommandLineTool baseCommand: [head] arguments: [-n$(inputs.nlines), $(inputs.source)] inputs:
3. cwltool (in dind コンテナ) 実行
/mnt # sh cwltool head.cwl –source lshead.txt –nlines 5
INFO /usr/local/bin/cwltool 1.0.20191206125148
INFO Resolved ‘head.cwl’ to ‘file:///mnt/head.cwl’
INFO [job head.cwl] /tmp/qr1slmyu$ head
-n5
/tmp/tmptf3bww_t/stgd9587d76-007b-4df9-87fa-06d8ebc692cf/lshead.txt > /tmp/qr1slmyu/0328c0c0e60bf6e0814e864edabec6d89c309ecf
INFO [job head.cwl] completed success
{
“out”: {
“location”: “file:///mnt/0328c0c0e60bf6e0814e864edabec6d89c309ecf”,
“basename”: “0328c0c0e60bf6e0814e864edabec6d89c309ecf”,
“class”: “File”,
“checksum”: “sha1$69e6fcad4c097dcbde1f91d4b87de9c81b967024”,
“size”: 277,
“path”: “/mnt/0328c0c0e60bf6e0814e864edabec6d89c309ecf”
}
}
INFO Final process status is success
```
~$ docker images|grep bgruening
bgruening/galaxy-stable:19.05.1 1.78GB
bgruening/galaxy-stable:19.01 3.77GB
bgruening/galaxy-stable:18.05 3.46GB
bgruening/galaxy-stable:17.09 2.1GB
→ 普通に起動できることを確認
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 bgruening/galaxy-stable
(base) root@56eb7982898a:/galaxy-central# supervisorctl status
autofs FATAL Exited too quickly (process log may have details)
condor RUNNING pid 630, uptime 0:00:09
cron RUNNING pid 487, uptime 0:00:40
docker STOPPED Not started
galaxy:galaxy_nodejs_proxy RUNNING pid 613, uptime 0:00:14
galaxy:galaxy_web RUNNING pid 136, uptime 0:00:55
galaxy:handler0 RUNNING pid 137, uptime 0:00:55
galaxy:handler1 RUNNING pid 138, uptime 0:00:55
nginx RUNNING pid 133, uptime 0:00:55
postgresql RUNNING pid 456, uptime 0:00:50
proftpd RUNNING pid 499, uptime 0:00:38
rabbitmq RUNNING pid 134, uptime 0:00:55
reports RUNNING pid 505, uptime 0:00:36