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Pitagora Meetup 2020-04

概要

• 日時： 2020年04月17日（木）10:00 〜 19:00
• 場所： フルリモート
  • オンライン参加 (Zoom) のURLは Pitagora Slack で告知します
  • Slack 参加希望の方は下の連絡先までどうぞ
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認*
10:15-11:00	各自作業
11:00-11:30	update session*
11:30-13:00	各自作業
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:00	開発とディスカッション
17:00-17:30	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
    • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• リモート: 8人
• リモート (エア): 1人

大田

• リモートミーティング研究
  • Zoom で3人以上のミーティング40分制限、、がかからなかった
    • 特にメッセージが出ないので何故かは不明
    • ac.jp アカウントで登録すると40mins制限がなくなるという風の噂は本当だったのかもしれない
  • Remo 楽しい
    • 山中さんの別ミーティングを爆撃することに成功した
  • https://dj3d.io 楽しい
• 某DBのデータの不備についてデータの出本の人々と議論していた
  • 結論: 共有するデータの形式はデータを出す人ではなく、データ解析をする人が作るべし
• BH@広島の調整とか
  • https://biohackrxiv.org
• vBHの後片付けとか
• Rstudio docker container で permission error になる問題、コンテナはユーザのIDで建っていても中のappは別のuidで経っているので -e UID=1001 とかしなくてはいけないという事例があった。Jupyterでも同様。

那須野

• Galaxyワークフローのステップで実行されるツール自体の終了時刻(Docker container の FinishedAt) からGalaxyのステップの終了時刻までに数十秒かかる件について調査していた。
  • HISAT2 の input size 10GB で 30 秒程度 (output size 2GB)
  • HISAT2 の後続ステップが1つでも2つでも変わらない
  • Galaxyワークフローの各ステップで、一体どんな終了処理が行われているのか？？
    • HISAT2出力の BAM ファイルの Sort (or 何かの Validation ?) らしい。samtoolsが動いていることを確認してみればよさそう。

丹生

• CWL-metrics のメトリクスの可視化システム DrillHawk を公開しました！
  • DrillHawk でボトルネックなどの大体の見当をつけて、Kibana で詳細を調べるドリルダウン的な使い方を想定している
• DrillHawk その他の発表のための論文を(まだ)書いていた
• Remo 楽しい
  • フリープランがほしい
  • ミートアップやハッカソンに向いている
  • 隣の声のキーワードは漏れてきてほしい
  • テーブルごとの人数制限はつらい
    • Virtual Office 使えという話なのかもしれない
• dj3d.io 楽しい
  • Dvorak には wasd 移動はつらい (,a;h 移動とか地獄)
  • コントローラが欲しくなるが、今度は作業ができなくなる

新海

• リモートワークという名の事務仕事やってました
• Remo面白いですね
• dj3d.io　ダッシュとかジャンプとか

山中

• Pitagorahub を作った（いまいるところです）
• 大田さんに Zoom の脆弱性を攻撃された
• 引き続き #virthal-bh にて Home Learning 作成中
  • おしゃれなフランス語版もできたよ
  • 毎週、水曜日＆木曜日の夜です
    • 19時から22時（JST）
    • Remo やるなら、誰か建てる必要あり

池田

-　PattRec Copy Number Variants (CNVs)検出ツールのDocker環境の作成中 -　javaのGUIアプリなのでXrdpを利用してdocker内部のX-windowに接続して利用 -　docker内への

石井

• ７人目のRemo参加者は、音がミュートしている気づかない問題を発見
  • 見つけたら積極的に話しかけたほうが良いだろう
• ８人目の参加者がいると、音がミュートしている
• Remoが上手に使えるようになってきた。いきなりカメラにはいらない。
• 体調を崩さない方法について
  • なわとび
  • リングフィットアドベンチャー
  • フィットボクシング（DL版あり）
  • ヨガマット
    • エレコム製あり
  • (nasuno) Hulu の 【在宅応援】フィットネス番組 無料配信
• キーボードについて
  • ポインティングデバイスの話
    • マウス
    • トラックパッド
    • トラックボール
• ききたいこと
  • 椅子
  • デスク
    • たち机
      • FlexiSpot FLEXISPOT電動式デスクE3セット
        • 重たくてよいが、重さがあることに注意
  • backjoy（新海）
    • 東急ハンズで、職場と家と買った
    • ボイスチャープラス
    • ヨドバシで７０００円（たぶんこれくらいだろう）
    • 新製品がでているらしい
    • Backjoy Japan（バックジョイ） | トップページ
• 今月一番しゃべった人が、山中さんなのではないか？
  • Remoで近い感味わえている

末竹

• やる気が死んでいる
  • 気を抜くとダラダラゲームをしている
    • Civ.とか
• 昨日、やっと確定申告した
• iPadでZoomつなぐとスピーカーオフにできない
  • 適当なイヤホンを指しておく

松尾(エア)

• 近況:相変わらず「Azure有識者」という謎のポジションで給料を貰っています。
• クラウド案件自体の経験のある人が会社に意外に多くないのに驚いています
• 客先常駐の案件だったのですが、リモートワークになっています
• 今日は会社休んで家の引越しをしてました。