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Pitagora Meetup 2020-05

概要

• 日時： 2020年05月20日（水）10:00 〜 17:30
• 場所： フルリモート
  • オンライン参加 (Zoom) のURLは Pitagora Slack で告知します
  • Slack 参加希望の方は下の連絡先までどうぞ
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認*
10:15-11:00	各自作業
11:00-11:30	update session*
11:30-13:00	各自作業
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:00	開発とディスカッション
17:00-17:30	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
    • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• リモート: 7人
• リモート (エア): 1人

大田

• BCC2020のレビューとかしてた
• 某システム用データパーサの最終確認中
  • 邪悪な巨大CSVをパースするのがつらい
• Sapporo 1.0.0 :tada:
  • 立ち上げようとしたら docker.pkg.github.com にログインするときにはまった
  • MFAを使っているのでtokenを発行したがそれとは別のエラーが出る (ERROR: error pulling image configuration: denied: Encountered a billing-related error. Please verify the billing status for this account.)

丹生

• SchemaSalad いじり
  • Remote container は神
  • Issue 328
    • 警告が --print-oneline を考慮してくれない
    • まじめにやると logger を若干いじる必要がありそう (めんどくさそう)
  • Pull Request 329
    • 警告の行頭に Warning: を付ける PR
      • 現状だと警告とエラーの表示順からユーザーが推測する必要がある
    • とりあえず実装方針を相談している
• まだ論文を書いている
  • 重いタスクは締め切り駆動になりがち
  • Remote container は神
    • Windows 環境だと、パーミッション周りっぽいエラーが出てファイルに書き込みができない
    • 上の SchemaSalad は問題なく動くのに…
      • schema-salad: Github のリポジトリから clone
      • 論文: Gitlab のプライベートリポジトリから clone
    • どの Git で clone したかは関係ないらしい
      • Git for Windows
      • Git (Ubuntu in WSL)
    • 仕方がないので Remote Dev for WSL で対処
  • Remote Development は神

那須野

• COVID-19 analysis on usegalaxy をオンプレ環境のGalaxyで試している
  • 全部入り Dockerイメージ が便利。ワークフローとツールもすべて揃っている。(docker images すると size: 13GB)
  • CVMFS で共有されたReference Dataがすぐに使えるようにセットアップされている
  • Preprocessing of raw SARS-CoV-2 reads のワークフローは動いた!
  • ここ にあるデータセットを自分のGalaxy環境に作るのが一番たいへんだった…。

• 最終的には Chameleon Cloud のベアメタルインスタンスで『オンデマンドに』構築する予定の SLURM クラスタを使うユースケースにしたい。（というお客様要望…）

  

山中

• どなたか Home Learning をやってみて一番下の feedback! でスコアをつけるというのをやっていただけると嬉しいです
• Home Learning の GitHub（および Slack）を完全に Pitagora に移すという案があります【本日要検討】
  • pages にしてみました
    • http://pitagora-network.org/home-learning/ja/

末竹

• SAPPORO-service 1.0.0 をリリースした
  • 強くした
• genpei もついでに改修
• SAPPORO-web も改修頑張る

志波

• リモート授業のための動画編集をしていた

池田

• (エア参加)

石井

• VirtualBioHackathon COVID-19 の Home Learning のフィードバックボタンをおした
  • フランス語、日本語は英語以外でも利用できる。
  • Feedbackボタンを英語以外の各言語に配置したほうが良いとFeedbackしておいた
  • どれくらいの人がきたのか？というのがとれるので、せめて Home Learning のトップページを訪れた人の数だけでもしりたい
    • それは、Insights からみれる。が、管理者権限