Pitagora Meetup 2020-06
概要
- 日時： 2020年06月19日（金） 10:00 〜 17:30
- 場所： フルリモート
- オンライン参加 (Zoom) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack 参加希望の方は下の連絡先までどうぞ
- 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認* |
| 10:15-11:00 |
各自作業 |
| 11:00-11:30 |
update session* |
| 11:30-13:00 |
各自作業 |
| 13:00-14:00 |
ランチ* |
| 14:00-17:00 |
開発とディスカッション |
| 17:00-17:30 |
ラップアップ* |
| 19:00- |
有識者会議* |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
大田
- 在宅勤務継続中
- Sapporo の論文を書くぞ!!
- 論文セッション 15:00- をやりました w/ 末竹さん福里さん
- 論文の構造を日本語で箇条書きにして書き散らかすやつをやった
- いきなり英語で書き始めない、大事
- Sapporo service v1.1 を遺伝研スパコンにデプロイしてテストするぞ！
- 動いているがワークフローを実行するところまではまだ
-
pytestは動いた
石井
- Pragli
- 課金体系
- チャットのログは、ゴミ箱ボタンを押すときえる
- カメラを開始するときに、
Start Video Avater で開始すると、色々便利
- 自分が動くとアバターが動く
- 自分が口が開くとアバターも口を開く
- 自分が離席すると、アバターが灰色になる。
- メインルームでは、みんなの声がデフォルトできこえるわけではない。
- 部屋ごとに色がつけられて、それが各アバターの下に表示されている。左側の部屋一覧もその色がでているのでわかりやすい。
- オンデマンドクラウドの話を、那須野さんに伺う。
- AWS上で、hotsubとかの作業
- 暗号化して渡したいタイプのデータのやりとりについて、SSHの公開鍵で暗号化して、秘密鍵でといて貰う方法の検討
- MFAあるといいよね（おおたさん）
- AWS IAM USER 秘密鍵とアクセスキーを渡したい
- データを受け取って欲しい人のgithub の公開鍵を取得、（以下１とする）
- １でデータを暗号化（以下E1)
- E1をデータを受けとって欲しい人に送る
- E1をデータを受け取った人が自分の秘密鍵でdecrypt
- macOS 10.13 High Sierra betaではOpenSSLがLibreSSLに変更されているもよう。 | AAPL Ch.
那須野
- 先月の続きをやります…。（思い出しコスト…）
- Preprocessing of raw SARS-CoV-2 reads のワークフローを Galaxy + SLURM 環境で動かせるか
- 全部入り Dockerイメージ に SLURM Controller を組み込みたい（別ノードでもよいが） → slurmctld がデフォルトで起動していた！
- ジョブを別ノードの slurmd に投げられればよいはず →
/etc/galaxy/job_conf.xml あたりを確認
- Pragli の
Start video avatar モードが面白い
鈴木
- 6月22日（月）Global City Sampling Day (gCSD2020)の準備。Mason Labからサンプリング・キットがまだ届かない。。
- https://github.com/haruosuz/metasub/blob/master/README.md#projects
- プラスミド配列解析
- https://github.com/phac-nml/mob-suite
末竹
- Sapporo の論文を書くぞ!!
- Sapporo Web の改修
山中（aka Home Learning Evangelist）
- Home Learning を世に広める
- しかし、CNAME 設定がまだっぽい http://home-learning.online
丹生
- Pragli 楽しい！
- 少なくとも8/1までは無料
- 有料化の一ヶ月前にはアナウンスがある
- 有料プランの料金体系が気になる
- 再構成周りの相談を色々した
- 予算の話
- DrillHawk を cwl-metrics にバンドルする話
- 共同執筆の論文書いてる
- モダンなデータ解析的な節で、ワークフローエンジンとかコンテナとかの話をするはず
- なのにまだ延々と「どこの馬の骨ともわからないコンテナは使うな」みたいなことを書いている
池田
- 自分の仕事が終わったら参加します
- Pragli で遊んでみた
- 音声の遅延が少ないように感じられる
- Start Video Avaterはうまく動作しなかった…
- Macbook proの性能による?
八谷
松尾
福里
- 末竹氏のラボの助教の先生
- Sapporo 論文のセッションに付き合ってもらいました