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Pitagora Meetup 2020-08

概要

日時： 2020年08月17日（月） 10:00 〜 17:30
場所：フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack 参加希望の方は下の連絡先までどうぞ
連絡先：大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認*
10:15-11:00	各自作業
11:00-11:30	update session*
11:30-13:00	各自作業
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:00	開発とディスカッション
17:00-17:30	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

参加者7名

大田

Pandas 強化月間
15時から別ミーティングで抜けます

求む Pandas マスター

こういうデータがある

    male    female
001    1    0
002    0    1
003    1    0

こういうふうにしたい

    sex
  male
  female
  male

愚直にやるとloopなのだがpandasにいい関数がありそうな気が。

解決した

https://twitter.com/iNut/status/1295232170638729216

df = pd.DataFrame({"make": [1,0,1], "female": [0,1,0]})
df[df==1].stack().reset_index().drop(0,1)

すごい…

もっとすごいのがきた

https://twitter.com/ngr_t/status/1295241519255887872?s=20

df = pd.DataFrame({"make": [1,0,1], "female": [0,1,0]})
df.idxmax(1)

まとめた
データフレーム整形問題 https://scrapbox.io/bcdeeiloprru/%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%95%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%A0%E6%95%B4%E5%BD%A2%E5%95%8F%E9%A1%8C

ポリコレ？

sex より gender ?

山中

home-learning タイ語版作成
- วิธีการวางหมุดการแพร่กระจายของ COVID-19
- วิธีดาวน์โหลด Sequences?

丹生

ep3 バックエンド再考
- 異常系書きたくないでござる！
- 以下ができれば楽に書けそうなので、実現方法を考えていた
  - Loan パターン
    - 正常終了時も異常終了時も特定の処理を最後にやってほしい
  - エラー時の早期リターン
  - 階層化
    - ワークフロー実行用の状態遷移の中にツール実行の状態遷移を組み込みたい
    - ペトリネットを想定しているが、ペトリネットの正常/異常終了とは？
      - 定義してやる必要がある
- 夏休み中にペトリネットの本で勉強した上で、夏休み前に作ったコード片を眺めていた
  - 総書き直しの予感がする
論文確認
- 論文中で WDL (Workflow Description Language) をワークフロー記述言語 (workflow description language) の紹介で取り上げたら、英文校正で workflow description languages が WDLs になって返ってきた
  - 名前空間の汚染はやめてほしい… > WDL
  - 読者のことを考えるなら明示的に注釈を入れたほうがよさそう
  - http://allie.dbcls.jp/short/exact/Any/WDL.html (おおた)
いつのまにか CWL v1.2 が出ていた
- Conditional execution の追加が大きな変更か
上の作業がてらbarrier#832の試運転
- Barrier はキーボードとマウスの共有ソフト
- #832 は変換・無変換キーを Windows/mac 環境で共有できないのを修正する PR
- ちゃんとうごいている！
  - ちゃんと動く == 変換を mac 上でかなに、無変換を mac 上で英数として入力できる
  - やったぜ、と思いきや、今度は Barrier server を動かしている Windows 側で変換・無変換が効かない…
    - Control+a などでも同じ問題が起きたので、#832 のせいではなかった
Bluetooth ヘッドセットのノイズが酷い問題
- mac だと問題が起きない
  - なのでヘッドセット自体の問題ではない
- Windows だとノイズが酷い + 少し離れるとぶちぶち切れる
  - 設定やドングルの変更は効果がなかった
  - マシンが古いからか？古いからなのか？

石井

SAPPORO
- サンプルもすぐ動いてよかった。
  - こういうのは試す側としては大変助かる
- toilで動かせるようにする
その他
- CWL関連
  - もう少し
- CWLではない仕事がすすんだ
docker無料プラン６ヶ月でイメージなくなる問題
- SAPPOROのサンプルの結果などをながめていたときに若干思い出した。
- どこかの機関が、ワークフローやツールなどとまとめて、お金を払ってくれるという手もあるのではないか？
  - 仕事の事務処理の関係上難しいケースなど。
たんじょうさんのキーボードの解決が、自分の環境改善につながるとおもっています。
- Mac -> Linux(RDP) -> Windows(VirtualBox)の場合、キーボードはうまく動くことがわかった。
- Mac -> Linux(RDP) のときは、キーボードはうまく動かない。
- RDP のキーボードの扱いも、深い闇が広がっていることが個人的な経験的に知られています。つらい。(丹生)
  - そこを知っている人がやっているということで、きっとよい方向にいくのではないかと期待しています。とりあえず何がおされたかを把握する必要がありそう。闇は非常にかんじています（石井）
  - Linux なら xev が有用です > 押されたキーの把握

末竹

SAPPORO 関連
- 見て思い出して少し書いた
  - 動いているけど、細部を詰める元気が完全に失われている

那須野

covid-19-training の全部入りDockerイメージがアップデートされていた
- Galaxy 最新リリース v20.05 で動く
Preprocessing of raw SARS-CoV-2 reads のワークフローは、SLURM の計算ノードを Galaxy 本体と分離した構成で無事に動いた
- SLURM 計算ノードも Galaxy と同じ全部入りDockerイメージを使って(ツール類がインストール済みなので）、Galaxy関連プロセスを起動しないようにする。
- ここにある入力データセット用の SRA accession list (SRRxxxx) を書いたテキストファイルを Galaxy にアップロードするだけで開始できるワークフローが用意されているのは大変便利だった。

池田

mac OS のアップデートを実行して vmware FusionでWindows 10を起動し続けてみた
- 確かにmacOSが落ちなくなったがカーネルのVersionが以前のものに戻っただけだった
```
  % uname -a
  Darwin xxxx-MacBook-Pro-2.local 19.6.0 Darwin Kernel
  Version 19.6.0: Thu Jun 18 20:49:00 PDT 2020; root:xnu-6153.141.1~1/RELEASE_X86_64 x86_64
```