events

Pitagora Meetup 2020-10

概要

• 日時： 2020年10月19日（月） 10:00 〜 17:30
• 場所： フルリモート
  • オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
  • Slack 参加希望の方は下の連絡先までどうぞ
• 連絡先： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network (最新バージョンのSkypeの使用を推奨)

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認*
10:15-11:00	各自作業
11:00-11:30	update session*
11:30-13:00	各自作業
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:00	開発とディスカッション
17:00-17:30	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者
  • 出席: 8名
  • 欠席: 1名
• 本日もやっていきましょう！
• そろそろオフラインでできるといいですね
  • 無理そう
• 次回 11/26 (木) にやりましょう
• JSBi BioInformatics Review
  • https://www.jsbi.org/jsbi-review/
  • ぴたごら+WF-meetupの議論を投稿？
• GoToMeetup の機運
  • 2週間 自主隔離を達成出来た人だけが参加できる

大田

• もういくつ寝るとBioHackathon Europe
  • プログラム日本時間バージョンをつくりました
• 理研の臨床DBの作業をやりました
• Sapporo のデプロイ
  • Sapporo Web の調整をしたい
  • productionにむけて
  • 次回以降

丹生

• Jekyll いじり
  • NII の SC20 でのプロジェクト紹介を Github Pages で行うことになった
    • 自分の負担はかなり減った
  • とりあえず全体部分は Github Pages で見れるようになった
  • 各サブプロジェクトの内容は各々で頑張ってください、と言えるようになった
• バックエンドいじり
  • 以前話していた異常系処理などは全部後回し
  • とりあえず動くようになってから機能追加・改善する方針
  • 自分が何を作っているのか理解してきた
    • 作っているものの特徴
      • 外部コマンドを実行する
      • あるコマンドによる変数・ファイルの生成・変更などをトリガーに他のコマンドを玉突き的に実行する
      • 似たアイデアのものを教えてもらった: https://www.pachyderm.com/platform/
    • これはワークフローエンジンと呼ばれるものなのではないか
      • ネタ的に言っていたブートストラップトワークフローエンジンが現実味を帯びつつある
      • 一般的なワークフローエンジンとは目的が異なるので自力実装は残念ながら必要
        • 一般的なエンジン
          • Scientific workflow を動かす
          • 特定ステップが失敗したら解析失敗
        • 作っているもの
          • アプリケーションを動かす
          • 特定ステップが失敗したら実行失敗…とは限らない！

那須野

• （今日のオフィスに籠もれる場所がなさそう。。ないので、自席から参加。）
• CWL-metrics で収集したメトリクスを DrillHawk で表示確認
  • すぐに試せるデータセットとcwlがあるか？
    • pitagora-cwl > hisat2-stringtie
    • HiSAT2 index for GRCh38
    • Gencode gene annotation file
    • RUN ID: DRR015310
• 野外Meetupに使えそうな無線LAN AP TP-Link CPE510 （池田さんに教えていただいた）

池田

• Vepをローカルにインストール -とりあえず、次のリンクに従ってDocker版を利用するhttp://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#docker

山中

• Jupyter いじり

末竹

• 案件が燃えている

石井

• 別件があり、参加できませんでした
• CPE510非常に興味あり。試した人の感想をきいてみたいです！
  • (池田)特に面倒も無く簡単に使えます　試しに利用したいとの事ならご相談に応じます

鈴木

• MetaSUBのメタゲノム中のresistance/plasmid解析。
• vsearch
  • 両鎖（フォワード鎖と逆相補鎖）を使用するなら、オプション--strand bothを指定しなければならない。デフォルト（--strand plus）はフォワード鎖だけを使用する。
  • クラスタリングされた配列は逆相補鎖に変換されていないので、すぐに多重整列・系統解析できず。

松尾

• 子供が寝込んでしまいました…
  • お大事に!