Pitagora Meetup 2020-12
概要
- 日時： 2020年12月17日（木） 10:00 〜 17:30
- 場所： フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認* |
| 10:15-11:00 |
各自作業 |
| 11:00-11:30 |
update session* |
| 11:30-13:00 |
各自作業 |
| 13:00-14:00 |
ランチ* |
| 14:00-17:00 |
開発とディスカッション |
| 17:00-17:30 |
ラップアップ* |
| 19:00- |
有識者会議* |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
大田
- Sapporo GUI をいじりたい w/ 末竹
- GUIの変更点について議論した
- 認証について議論した
- 「このユーザはそのサーバにジョブを投げていいのかどうか」を認証する
- NanoGalaxy https://nanopore.usegalaxy.eu/ / Galaxy Europe https://usegalaxy.eu/ の調査
- 何が違うのか、quotaはどうなっているのか
- Björnにメールします
志波
丹生
- ep3 のバックエンドいじり
- 異常系処理を辛くない感じに実装するアイデアを思いついたので実装したかった
- CWL AC の記事書くのでタイムアップ
- CWL Advent Calendar の記事を書いた
- CWL v1.2 の新機能のキャッチアップがてら
- 今日書いたのを含めると、全ての Process requirements の解説を書いたことになる
- 長く苦しい戦いだった……
- 今日書いた分
- 17日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/fdb633c2dbf403
- 18日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/43af93cb4184d5
- 19日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/967b20f4220d56
- 20日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/5cd9d9b737c03b
- 21日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/1a5130ce2fc6c6
- 22日目: https://zenn.dev/tom_tan/articles/b4cd8f5c967428
- 残り3日はまかせた！
- CWL Mini Conference 2021 の発表ネタどうしよう
- DrillHawk?
- ep3 (Extremely Pluggable Pipeline Processor)
- まだ Extremely Pluggable 部分は実装できていない
- ので実質ただの p2 (Pipeline Processor)
- ので売りを説明しにくい
- が、それはそれとして発表はしたい
- 発表までに cwl-metrics に対応する締め切り駆動でやるか？
- エンジン実装者は全員バッジをつけろ！という主張をするのはありかも
池田
- 大田さん達が開発しているシステムについてちょっと解説していただいた
- 基本的にdataはjsonで持つ Elasticsearchを利用
- viewに利用されるtableは別途jsonを作成して格納する
- 2020/12/31 11:59からのあけおめ飲みしましょう
那須野
- 最近よく見かける zenn.dev について丹生さんから教えていただいた
- 投稿記事を GitHub で管理できる（これが大きいですね）
- Qiitaより運営のポリシーがクリア？（プログラミングに関係ない記事でも消されない？）
- 投げ銭機能あり
- 通常業務の案件で Azure でのコンテナ・アプリの検証をやっていた
鈴木
- 日本農芸化学会 オンラインシンポジウム要旨投稿
https://www.jsbba.or.jp/2021/
- プラスミド宿主予測スクリプトの修正
https://github.com/haruosuz/plasmids/tree/master/pSN1216-29
末竹