Pitagora Meetup 2021-04
概要
- 日時： 2021年04月15日（木） 10:00 〜 17:30
- 場所： フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認* |
| 10:15-11:00 |
各自作業 |
| 11:00-11:30 |
update session* |
| 11:30-13:00 |
各自作業 |
| 13:00-14:00 |
ランチ* |
| 14:00-17:00 |
開発とディスカッション |
| 17:00-17:30 |
ラップアップ* |
| 19:00- |
有識者会議* |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
Happy new fiscal year!
大田
- 確定申告!!!
jizenMac.dmg というヤバい名前のSafari拡張をインストールさせられる恐怖- 医療費控除の明細作成チャレンジ
- 頑張りました
- Workflow Meetup でのフィードバックを受けて Sapporo Getting Started を更新した
- https://ddbj.github.io/sapporo/GettingStarted
- Sapporo on NIG の dogfooding をします
- 会場
- https://scrapbox.io/bcdeeiloprru/Sapporo_WES_on_DDBJ_dogfooding
- 想定してなさそうな挙動をして壊れないか見てみるやつ
- 色々見つかった
末竹
- 確定申告
- freee + MBP + iPhone で申告した
- iPhone に「freee 電子申告アプリ」というアプリを install した
- freee の UI/UX はすごく頑張っているなと感じた
- Sapporo on NIG の dogfooding のお手伝い
那須野
- オンプレ環境への K8s 導入に関して、主に Service リソース関連の調査、検討、提案のお仕事を進めていた。
石井
- sapporo-service の1.0.13を立てた。
- おおたさんに場所を伝えて、おおたさんがいじりはじめたことを確認した。
- 次回ワークフローミートアップは、５月１２日（水）です。よろしければぜひ。こちらもおねがいたします。
- home-learningは、今週はスキップで来週になりました。
- このあと有識者会議あるならば、９時すぎなら参加できるかもしれない。
丹生
- ep3 のログ周りの整理
- これまでは medal レイヤーでのログしか出していなかった
- ワークフローのレイヤーでのログを出したい
- 仕組み自体は medal に実装済み
- CWL の conformance test は神
- v1.0 用のテストだけでも 197 個あるため、ぶん投げておけば大抵のリグレッションは弾いてくれる
- 実装したのでこれから CI 上でリグレッション確認 & リリース作業
- エンジンに
--leave-tmpdir-on-errors みたいなオプションはあるとうれしい？
- ワークフロー成功時には一時ファイルを消す
- ワークフロー失敗時には一時ファイルを消さずに残す
- デフォルトオンだと嬉しい
- 遺伝研スパコンのユーザーアカウントを発行してもらったのでログインしてみる
- 一般解析区画にログインできないため質問メールを飛ばしてみた
- 解決！パスワードの 1 と l を読み間違えていた
- 問題の箇所が２箇所あり、片方が l でもう片方が 1 だった
- フォント上はほぼ同じ。こんなんわかるわけない…
- そのうち ep3 を遺伝研スパコンをぶん回したい
- 内部的には TES client/server 的な何かが必要
- ただの TES client だとおそらく不十分
- 正攻法だと Parameter reference に対応できない問題がある
- cwl-tes はどうやってるんでしょう？ > 石井さん
- Issue 26 を見ると、TES server がローカルにある場合にしか対応していないように見える
- 無理っぽい https://github.com/ohsu-comp-bio/cwl-tes/issues/44 (ohta)
- 以前 medal 実装に必要な変更をアップストリームに送っていたが、進展があった
- 馬鹿でか変更を要求されていたが、それなりの規模に抑えた
- Phobos#7766
- コメントしてくれている contributor 二人の意見が違って辛い
池田
- iPadでソースコードの編集を行おうと code-server を試す
- cdr/code-server
- Extensionsに表示されるものとされないものがある。何が違うのだろう？ 例えば: CWL (Rabix/Benten)は表示されない
- gitpod良さそう
- Open Sourceの開発なら50時間/月が無料
- 個人なら100時間/月で$9から
山中
- ホームラーニング近況報告
- 変異型もリストしようということになりました
- ワークショップの内容はそのまま（GCコンテンツや系統樹）
- こういうサイトがあるそうです https://www.covid19dataportal.org/sequences?db=embl-covid19&size=15#search-content
- どれが UK variant B.1.1.7 のリファレンスでしょうか
- EPI Accession Number: EPI_ISL_601443 と EPI_ISL_581117
- https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.28.20248906v1.full.pdf (池田)
- 私は紙で確定申告しました
鈴木
- プラスミドの系統推定。系統樹の根(root)の位置を決めるには？