Pitagora Meetup 2021-09
概要
- 日時: 2021年09月22日(水) 10:00 〜 17:30
- 場所: フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ: 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。
Time |
|
10:00-10:15 |
今日の作業確認* |
10:15-11:00 |
各自作業 |
11:00-11:30 |
update session* |
11:30-13:00 |
各自作業 |
13:00-14:00 |
ランチ* |
14:00-17:00 |
開発とディスカッション |
17:00-17:30 |
ラップアップ* |
19:00- |
有識者会議* |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
大田
- 10月と11月のミートアップの予定を決めるぞ!
- BioHackathon in Barcelona (8 - 12 November 2021) に行きたいぞ!
- 10/8 がキャンセル期限、三択
- ワクチンパスポートで隔離制限が緩和される方に賭けて申し込む
- 制限緩和されなかったらキャンセル費用払って断念する
- なんであろうと行く
- TogoDX という謎プロジェクトの仕事をしたりしてる
- https://github.com/togodx/togodx-config-human/blob/develop/docs/about.md
- https://github.com/togodx/togodx-config-human/blob/develop/docs/usage.md
- pitagora-meetup のロゴデータを突っ込むrepoをつくった
- https://github.com/pitagora-network/pitagora-logo
- ChIP-Atlas の改修をやるぞ!
- 過去に自分が書いたJSが襲いかかってくる
- 少し進んだ
末竹
松尾
- 仕事の合間に午前中遊びにきました
- 自動車会社の案件(次世代コネクテッドカー)やってます。
- Azureのエンジニアとして採用されたはずなのですが、あんまり関係ない仕事ばっかりやってます。
那須野
- Azure Container Instances に YAML 形式で書いた複数コンテナ定義をデプロイする方法と格闘していた。
- Web UI や Azure CLI だとインスタンス毎に1コンテナしか起動できないが、YAML ファイルを書くと複数コンテナを起動することが可能。
- このYAMLスキーマを読み解いて、目的の構成を記述
- インフラは K8s で作られているらしい。K8s の Pod リソースの API を知っているとちょっとわかる。
- Docker Compose で書けるとよいが、Azure Container Instances 用のパラメータをおそらく全部表現しきれない。
- memo: https://dev.classmethod.jp/articles/docker-ecs/
石井
- ピタゴラのロゴをデジタルデータは公開していないのでしょうか?
- レポジトリをつくってもらった。
- ありがとうございました!
- IIBMP2021のスライド
- 別件の作業をしているとおもうが、sapporo関連の作業もしたい。
- sapporo全体
- native でsapporoを動かす。
- sapporo-web
- 以前おそわった、デフォルトでsapporo-serviceを登録しておく方法を試す。
- Workflow Meetup 10月は、10月6日水曜日です。
- 11月は、たぶん11月10日水曜日(バイオハッカソン中)
- コンテナをクラウドになげるには?
- AWS Batch でなげるのが楽なのでは?(おおたさん)
丹生
池田
- UMI(Unique Molecular Identifiers)を利用した解析のためにumi-toolsと格闘
- CentOS6の環境でコンテナの利用に苦慮
- Pragliの音声が聞こえなくて困った…
- mac OS 10.15だから? 11のmacに切り替えたら大丈夫だった
鈴木
- 露崎さんとzoomミーティング
- プラスミドの宿主を予測するツールの開発
https://github.com/haruosuz/plasmids/tree/master/pSN1216-29