Pitagora Meetup 2021-10
概要
- 日時： 2021年10月26日（火） 10:00 〜 17:30
- 場所： フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認* |
| 10:15-11:00 |
各自作業 |
| 11:00-11:30 |
update session* |
| 11:30-13:00 |
各自作業 |
| 13:00-14:00 |
ランチ* |
| 14:00-17:00 |
開発とディスカッション |
| 17:00-17:30 |
ラップアップ* |
| 19:00- |
有識者会議* |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
末竹
- neko-punch
- https://docs.google.com/presentation/d/1KJWANg4SGUXnZxFnnBOGDlxzfE8472uaB8M_9nuTVrU/edit?usp=sharing
- https://github.com/suecharo/neko-punch
- cwl-utils などを使いつつ、cwl から make-template よりもより構造化された input parameter を抽出する
- input parameter を見つつ web form (web component を生成する)
- sapporo-service を registered only mode で起動する
大田
- 某臨床DB appの相談 w/ 末竹さん
- TogoDX リリースされました :tada:
- TogoDX/Human: https://togodx.dbcls.jp/human/
- リファクタリング地獄
- 次回 meetup 11/24 (wed)
- 物理&オンラインのハイブリッドでやりたい
- 物理参加希望の方にはワクチン接種完了を強くお勧めします
- 場所？
山中
志波
- NanoGalaxy の method article を書いています
石井
- Sapporo-webのセットアップ
- 環境変数周りの挙動について、すえたけさんに相談。
- さきにすすんだが、Firefoxだと動かない可能性があり、Chromeでうまく動くのかを試したいというところまできた。
- Chromeで動くなら、Firefox固有問題とおもわれる
- Chromeで動かないなら、実行している環境固有の問題であると考えるのが妥当とおもう。
- cwltoolのデバッグを本腰をいれてやりたい。。。
- おそらくこのIssue
- DraftのPRなら作れそうな気がしている。
- 全体像が壮大印象をうけている。。。ので、まずはDraftだろう。
池田
- macOS Monterey へのアップグレード
- VPN(同じ接続先が複数表示されるbugが解消されている), PyCharm, dockerは正常に起動
- input source の日本語が外れていたので再設定
- cwltool で udockerを利用した場合の展開済みコンテナを利用できないのか？
那須野
- 月末仕事に追われていて、Meetup 関連の作業ができず。。
- Rootless Docker での dind (Docker-in-Docker) の検証をやりたかった。
- https://docs.docker.com/engine/security/rootless/#rootless-docker-in-docker