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Pitagora Meetup 2021-11

概要

• 日時： 2021年11月24日（水） 10:00 〜 17:30
• 場所： オンライン
  • オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
• 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。*印が付いている時間がオンラインでの集合目安時間です。その後は繋いだままでもいいですし、一度切って作業に集中しても構いません。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認*
10:15-11:00	各自作業
11:00-11:30	update session*
11:30-13:00	各自作業
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:00	開発とディスカッション
17:00-17:30	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者: 4+1名

丹生

• ミーティングが入ってしまったため16時まで参加
• 雑に hail での joint calling の性能評価
  • 同時に複数のファイルに書く都合上、IO (遺伝研スパコンの場合はネットワーク)バウンドになる気がする
    • メトリクスの収集はできたのでこれから ES に突っ込んで解析予定
• schema-salad-d いじり
  • CWL v1.0 のワークフロー定義を schema-salad-d で記述・count-lines1-wf.cwl の読み込みができるところまで確認
  • Explicit context ($graph が使われているもの) も読み込めるようにしたい
    • そこまでいかなかった
  • top level の saladVersion や cwlVersion はちゃんと仕様に含めておいて欲しい

大田

• かつて作った meta16S-seq に 新しいツールを追加する
  • これ
  • Qiime2のコンテナをベースにインストールを試みているがBioCでインストールがコケてしまう上にインストールログが長大なので難儀している
• MiMB という雑誌に投稿する原稿を進める=>ちょっと進んだ

那須野

• Rootless Docker での dind (Docker-in-Docker) の検証
  • 8月Meetup から放置していた…。が必要に迫られて再開。
  • 公式イメージの docker:20.10-dind-rootless は、 通常の “rootful” で動作する Docker 環境で Rootless Docker を実行することを想定したもので、Rootless Docker の環境では起動できないことがわかった。
    • Rootless Docker 用に設定済みのホスト側の uid mapping を dind 側で更に入れ子にする必要がありそう？（混乱）
    • 動いた！ “Rootful Docker in Rootless Docker”

## $HOME/bin 配下に Rootless dockerd などの実行ファイルがある前提
$ docker run -it --rm --name rootful-in-rootless --privileged \
    -v $HOME/bin:/usr/local/bin ubuntu:20.04
# apt update && apt install -y kmod iptables ca-certificates
# dockerd --rootless 2>dockerd.log &
# tail dockerd.log
...
time="2021-11-24T09:26:46.620049976Z" level=info msg="API listen on /var/run/docker.sock"
...
# docker run hello-world

Hello from Docker!

• Rootless Podman の検証 (未)
  • DinD 以外に PinP, PinD, DinP もありうる
    • https://www.redhat.com/sysadmin/podman-inside-container

池田

• bwa-mem2をM1 mac で動作させようとしたが、うまくコンパイルできず…
  • _mm_malloc, __rdtsc, _mm_free　が simdeに無い… sse2neonだったらどうなの？
  • __rdtscは #include <mach/mach_time.h>してmach_absolute_time()に置き換えればよさそう
  • FMI_search.cpp, bandedSWA.cpp, bwamem.cpp, ksw.cpp, kswv.cpp, main.cpp

末竹

• Yevis (仮称) の設計