events

Pitagora Meetup 2021-12

概要

日時： 2021年12月9日（木） 11:00 〜 18:00
場所：ハイブリッド
- オンサイト会場: 貸し会議室 (東京都板橋区前野町3-41-1)
  - 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方は Slack にてご連絡ください
  - 対面参加をされる方は SARS-CoV-2 ワクチン接種を完了させる (2回目接種から2週間経過) ことを強く推奨します。
  - COVID19 感染対策にご協力ください。
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ：大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。

Time
11:00-11:15	今日の作業確認*
11:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ*
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ*
19:00-	有識者会議*

ミートアップの主旨

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

参加者:
- F2F: 7名
- リモート: 3名

池田

開始時間前に貸し会議室に到着して手続き
Javascriptのお仕事中
- CodeMirror.js の利用スクリプトの書き直し
- tabulatorのカスタマイズ
  - sassコマンドによりscssの変更内容をcssに反映

大田

来年のミートアップのスケジュールを決める
- slackでpollしてますので投票よろしくおねがいします
ピタゴラ金策
- これまでのノウハウを集約して書籍を出版して原稿料で運営すればいいのでは説
  - :+1:
ANCOM-BC docker container 作り（難航している）
- https://github.com/mortonjt/q2-ancombc
  - pluginの実装が中途半端なので動かないので厳しい
Sapporo 論文手直し
- TeXのままだと文章構造の書き直しがつらい
- detex というのがあるらしいと教えてもらった
  - opendetex
    - https://orebibou.com/ja/home/201704/20170425_001/
  - インスコ面倒そうだったのでコンテナにした
    - https://github.com/inutano/docker-opendetex/pkgs/container/detex
- ついでにいつも忘れるコンテナ化からpublishまでの手順をドキュメント化した
  - Dockerfile を GitHub に push したら GitHub actions が走ってコンテナイメージをビルドして GitHub Container Registry (GHCR) に push するやつ
- 情報系の論文誌のためにcompileした文章を別の雑誌に出すために書き直します

新海

ひっそりとslack参加
ChIP-seqのデータとかいじってます
色々と対応していた一日でした
ENSG00000231702とかゲノムのverで名前が違う？　と皆様にご相談
- https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000231702;r=1:1008076-1008229;t=ENST00000423619
- https://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000231702;r=1:943456-943609;t=ENST00000423619
- ちゃんと理由がページに書いてある、とご指摘

丹生

Workflow meetup で途方に暮れていた問題をがんばって Issue 登録した
来週締切の原稿を少し書いていた

山中

MacBook を 6年ぶりに新しくしたので、というわけではありませんが
- じぶん CWL 勉強環境を構築中
CWL がどれくらい使われているか知りたいです！
- どこで使われているか、どうやったら調べられるでしょう？
- 丹生追記: これとかいかがでしょう！
- Google Trends
- https://github.com/search?q=extension%3A.cwl (おおた)
ピタゴラ金策 :thinking_face:
- 何にかかるの？
  - 会場（お金がかからないときもある）
    - メンバーの都合で無料で使える会議室が使えない
    - 今回は 1,700 * 7h = 11,900
  - 懇親会？
  - イベント関連？（旅費とか）
  - 学生サポート（以前はそういうのもかかった）
- 回避策
  - お金がかからない場所を借りる
    - 区民センター的な
    - アマゾン的な
    - 東大本郷（アクセス悪い）
- どこから？
  - 出版
  - 経費
  - 企業スポンサー
  - 富豪からの寄付

那須野

前回Meetup 以降の成果メモ
- Rootless モードでの Docker in Docker、Podman in Podman (ネスト構造でのコンテナ実行) ができた。
  - Rootless Docker はデーモンやコンテナ・ランタイムのインストールから実行まで root 以外のユーザ権限で可能。
  - Rootless Podman は Podman 関連パッケージのインストールのために root 権限が必要。
- Rootless D-in-D 方法
  - Rootless Docker 環境で起動したコンテナ内で dockerd --rootless のようにデーモンを起動
- Rootless P-in-P 方法
  - Rootless モードで Podman 公式イメージ quay.io/containers/podman を起動
    - Alpine や Ubuntu コンテナイメージに podman をインストールする方法でも可能（だが若干面倒）
  - root以外のユーザ podman がすでにあり、このユーザで Rootless モードが使える。
    - ~podman/.config ディレクトリがすでにあれば、onwerを podman に変更しておく。
内田さんから、AWSとオンプレを併用できる分散処理基盤を構築するサービスのお話を聞いた。

末竹

sapporo-service, sapporo-web を 1.1 にする
- 現状の GA4GH WES (Workflow Execution Service) の定義は 1.0.0
  - Issue や PR は上がっているが、様々なしがらみから update されそうにない
- -> そのため、sapporo-wes-1.0.0 という、既存の WES 定義を extend した API 定義を使っていた
  - 付け加えるだけで、なるべく元の定義を使っていた (主に後々の git merge がしやすいように)
    - POST /runs における workflow_engine_name, workflow_attachment as JSON-serialized object
    - GET /service-info における executable_workflows
    - GET /runs/{run_id}/data
- -> もっと WES レイヤーで色々したくなってきた
  - 主に /parse-workflows 的な endpoint
  - だったら、なるべく後方互換性を保ちつつも、git merge 的な心配をすることなく API 定義書を update しようと至った

内田

おひさしぶりなので#generalの自己紹介を書きました
pragli(pesto)のやり方などおしえていただく
hail-jpのためのトライアルな環境の検討 windowsにanaconda navigatorで動かしたjupyter labでいいんじゃないかと思いきやどうもそうではないようで。 forumによるとWSLが正解とのこと。。 C:\の世界ではhl.utils.get_1kg が、Wrong FSになってしまう
hailとglowを同時に動かすきちんとした環境を追い求める
- https://hail.is/
- https://glow.readthedocs.io/en/latest/index.html (おおた追記)

八谷

ハイブリッドミーティングの可能性について議論
hail-jp のミーティングが2022年1月末を予定しているそうです

鈴木

これまでにゲノム解読されたサンプルが収集された地域（国・都市）と年月日を取得したい。 https://twitter.com/DDBJ_topics/status/1461468496403972097
Replicon type (Chromosome, Plasmid) の定義が曖昧。 https://www.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html Organism Replicons 対象となる生物が持っているレプリコンの数、その名前 (例: 1、2、3 や I、II、III)、レプリコンの種類 (chromosome など) やレプリコンが存在する細胞内構造。
プラスミドの taxonomy をどうするか。プラスミドの宿主細菌の taxonomy をアサインするか。あるいは（ウイルスのように）プラスミド自体の分類群をアサインするか、例えば、incompatibility (Inc) groups, Rep type, MOB typeなど。階層分類は困難。
```
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
ORGANISM  Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
          Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes;
          Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; Orthocoronavirinae;
          Betacoronavirus; Sarbecovirus.
```

宿主未知のプラスミドの taxonomy ID は「unidentified (taxid: 32644)」が良い？ https://www.ddbj.nig.ac.jp/faq/ja/taxonomy-for-non-organism.html

例えば、IncP-1 Plasmids には以下の「ORGANISM」が記載されている。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U67194
DEFINITION  Enterobacter aerogenes plasmid R751, complete sequence.

  ORGANISM  Klebsiella aerogenes
            Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales;
            Enterobacteriaceae; Klebsiella/Raoultella group; Klebsiella.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AJ564903
DEFINITION  Uncultured bacterium IncP-1beta multiresistance plasmid pB10.

  ORGANISM  uncultured bacterium
            Bacteria; environmental samples.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EF107516
  ORGANISM  uncultured bacterium pMCBF6
            Bacteria; environmental samples.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY950444
  ORGANISM  Plasmid pMCBF1
            other sequences; plasmids.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MH392232
  ORGANISM  Sym plasmid
            other sequences; plasmids.