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Pitagora Meetup 2022-01

概要

• 日時： 2022年01月06日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
  • Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
• 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者:
  • リモート: 8

大田

• 今年もよろしくお願いします
• 1pmから別ミーティングでちょっと抜けます、すみません
  • Enrichr の論文をななめ読みしたりしていました https://scrapbox.io/bcdeeiloprru/Survey:_Enrichr
• 論文をやるぞ!!!
  • Sapporo をやっていきます、outlineを組んでいる
• 感染者増えているのでまたしばらくF2F開催はできなさそう、、
• 今年頑張ること
  • 建設性、生産性
  • https://joss.theoj.org/ になにか出したい (=フルペーパーにはならなさそうだけど便利なコードを書きたい)
  • VSCodeをがんばる、もうAtomの方がいいなんて言わない
  • Remote Container を日常にする

末竹

• yevis-cli 実装
  • curated workflow repository 用の CLI tool
    • creating tool template, validate, testing, creating pull request
    • writing by Rust

松尾

• 幽霊部員参上
• 雪のため（保育園お迎え時間かかりそう）ラップアップは不参加で。。。
• 今年もよろしくお願いします。
• 今月は公的機関向けの提案活動やってて、今日は提案書作りをやってました。
• 昨年はプロジェクトの合間にAzureの資格を取ったりしていました。
• Azureで食っていけそうな感じがしないので、今年はもう少し芸の幅を広げます。

山中

• これを試しました（耳鼻科に行ってきます）
  • 指先一つで立ち上げる CWL ツール・ワークフロー作成環境
    • https://qiita.com/tm_tn/items/3fafe22e2c4a92a7f597
  • 2つのコンテナが起動したのは確認しましたが：
    • 新規ターミナルからコンテナ内にインストールされた各種ツール (cwltool、docker、cwltest など)を使えます。
    • というのは、新規ターミナルでコマンドにパスが通っているはずということでしょうか？ @tomtan
      • はずです。
      • (VSCode から開く)新規ターミナルのプロンプトが root@なんとかかんとか:/workspace# ではない場合、そもそも remote container で開けていないので注意です。

那須野

• 今日は社内業務が詰まってしまっており、、ラップアップには参加します！
• 年末年始、この機会にVSCodeの環境をちゃんと整備しようと思ったが、ついEmacsのほうに時間を費やしてしまった…。

丹生

• CWL AC の記事をほぼ年内に書いたので、JST で無事に年が越せた
  • 今年もよろしくお願いします！
• schema-salad-d をなんとかするために本家の記述不足をなんとかしたい
  • https://github.com/common-workflow-language/schema_salad/issues/498
• 最近キーボードがチャタる…
  • 有線で繋いでも同様なので、おそらくはんだ付けの問題？
• なぜかプログラミング系の研究会で ep3 の発表することになったので資料作成
• 今年中に果てしない脱線を終わらせて ep3 に戻りたい
  • ep3 -> cwl-inspector 再実装 -> Schema Salad 処理系再実装 -> Salad 仕様いじり -> …

石井

• ラップアップにちらっと参加したいとおもっております。
• 来週 ワークフローミートアップ 20200112 です。
  • Rのtargetsを利用したワークフローの話
    • Joel Nitta: Managing bioinformatics pipelines with R
• 大体なんか自分の仕事にGUIが必要そうなときに、それ sapporo では？とちょろっと紹介することあり。
• CWL AC
  • ありがとうございます！
  • 自分もポツポツ書いていこうと思います。（数年分）
• ハッカソン中にエンターキーを数分おきにたくさん押す仕事が、スマートに解決できそうなのでよかった。
  • 律儀にやる以外にもいろいろ試すのがよいときもある。
• 年度末進行というのを改めて感じています。
• 手の消毒しすぎと歳のせいだとおもわれる問題で、指先がつらい状態です。
• 今年の目標
  • 健康にすごす
  • CWL AC 2021 は、今年のうちに終わらせたい！
    • その他の年も同時にうまるはず。
  • 今年の目標をこれ以上ふやさない

池田

• Cudaの環境を構築するための下調べをおこなっていた
  • Oxfordのnanopore sequencer用のBasecallerを実行するため
• White Box に RTX3060を利用の予定
• 動作環境が割と細かく規定されていた

Distribution	Kernel	Default GCC	GLIBC	GCC ICC3	NVHPC3	XLC3	CLANG
Ubuntu	20.04.3	5.11.0-27	9.3.0	2.31	11	2021	21.7