Pitagora Meetup 2022-02
概要
- 日時: 2022年02月3日(木) 10:00 〜 18:00
- 場所:
- フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ: 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。
Time |
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10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
10:15-13:00 |
開発とディスカッション |
13:00-14:00 |
ランチ |
14:00-17:30 |
開発とディスカッション |
17:30-18:00 |
ラップアップ |
19:00- |
有識者会議 |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
大田
- コロナの魔の手がすぐそこまで来ている
- 今日はまともに出られないと思います、すみません……
- Sapporo の論文書き直し w/ @suecharo
- ANCOM-BC というメタゲノム解析のソフトウェアに苦戦している
丹生
- 15時ごろから参加
- 昨日公開した custom Github Actions を CWL organization に突っ込みたい
- https://github.com/tom-tan/cwl-run-tests
- https://github.com/tom-tan/cwl-run-conformance-tests
- https://github.com/tom-tan/cwl-upload-conformance-badges
- CWL の gitter で紹介がてら聞いてみた
石井
- tailscaleを、すえたけさんに教えていただいた。
- 山中さんに以下をおしえていただく
山中
- Rancher Desktop インストール中
- 目標:やってみた系の Qiita 記事を 2021 年のカレンダーに投稿
- 前回「指先一つで立ち上げる CWL ツール・ワークフロー作成環境」
- 今日は時間ないけれど、Qiita 枠だけ申請する
- 思いつき:ワークフローのネットワーク分析
- ジョブ管理(JP1)データから Critical Path を求めた事例など
- ArcadeDB という Ascade っぽい DBMS が出ました
- https://blog.arcadedb.com/welcome-to-arcadedb
- ArcadeDB not only supports OrientDB SQL and Apache Gremlin but also Neo4j Cypher (Open Cypher) and MongoDB Query Language and basic Redis API for Key/Value operations. That’s right, you can use all these languages on the same database, in the same transaction!
那須野
- tailscale はVPN接続先をデフォルトルートにして外部に出ていく使い方 (exit node、インターネット出口) ができなかったので、普段はWireGuardを使っています。
- 可能になった?
https://tailscale.com/kb/1103/exit-nodes/
- Linux版のみ可、でした
-
Currently, only Linux devices may act as exit nodes. We plan to allow Windows and macOS devices to advertise as exit nodes in the future.
池田
末竹
- yevis, gh-trs 実装祭
- GA4GH TRS
- https://github.com/ddbj/yevis-cli
- CLI tool for registering workflows to GitHub - ddbj/yevis-workflows.
- Generating templates for registration files (called config_file)
- Validating registration files
- Testing workflows based on registration files
- Creating the Pull Request to GitHub - ddbj/yevis-workflows
- Generating DOIs with Zenodo
- Generating TRS responses (GA4GH - Tool Registry Service API)
- https://github.com/suecharo/gh-trs