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Pitagora Meetup 2022-06

概要

日時： 2022年06月02日（木） 10:00 〜 18:00
場所：
- オンサイト会場: 慶應義塾大学SFC研究所　みらいのまちをつくる・ラボ (大井町)
  - https://oimachi-keio.com/access/
  - 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方は Slack にてご連絡ください
  - 対面参加をされる方は SARS-CoV-2 ワクチン接種を完了させる (2回目接種から2週間経過) ことを強く推奨します。
  - COVID19 感染対策にご協力ください。
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ：大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ過ごし方ガイドをご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

鈴木

11:00- 志波さんらとzoom meeting
15:00- 志波さんらとzoom meeting
k-mer組成に基づくプラスミド宿主予測ツールを更新
NCBI taxonomy
- Taxonomyは同じなのに、種名が異なる例（”Enterobacter aerogenes” “Klebsiella pneumoniae”）。
- Taxonomyのランク数が生物によって異なる（6個とか、5個とか）。
- https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/12/10/ncbi-taxonomy-prokaryote-phyla-added/ NCBI Taxonomy to include phylum rank in taxonomic names - NCBI Insights

大田

11am からzoom meetingでちょっと外します
- meta16s 解析をCWLでやったりしているやつです　　 - https://github.com/pitagora-network/DAT2-cwl/tree/main/workflow/meta16s-seq
3pm から zoom meeting (IIBMP打ち合わせ)
- 同じCOVID19 WFを NF/CWL/Galaxy で動かしてその違いを見るという実践WSをやります (座長は鈴木さんと志波さん)
ISMB出張のためにパンデミック出張チャレンジ調査をやっていきます
- 怪文書を拵え始めた、情報提供をお願いします
  - https://scrapbox.io/bcdeeiloprru/%E3%80%8C%E6%B5%B7%E5%A4%96%E5%87%BA%E5%BC%B5%E6%99%82%E3%81%AE%E5%8C%BB%E7%99%82%E4%BF%9D%E9%99%BA%E3%81%AF%E4%BB%BB%E6%84%8F%E3%80%8D%E3%81%AF%E3%81%8A%E3%81%8B%E3%81%97%E3%81%84%E3%81%AE%E3%81%A7%E3%81%AF%E4%BC%9A%E8%AD%B0
- ESTA代行業者にうっかり引っかかってしまった、みなさまお気をつけください、、、
  - https://twitter.com/iNut/status/1532266661083897857
Sapporo/Yevis 論文のFinishingをやっていく
コンパクトに収納できる電源タップ/延長ケーブルはないものか

池田

apache のDockerを作成してはるか昔にperlで書かれたweb serverのメンテ
- perlのマルチバイト文字列の取り扱いに驚愕
  - 変数受け入れ時にdecode, 出力時にencodeが原則
    - しかし、内部でマルチバイトの文字列として処理しないのなら、放置しておいて良い
      - use utf8; を宣言すると、コードが記述されているファイルの文字が内部表現に変わる。そのため、単純に出力すると文字化けする。(出力時にencodeが必要)
    - Pythonのユニコード文字列のような取り扱いはできない…する必要が無い？

丹生

shaft に InitialWorkDirRequirement を実装中
- あと Process Requirement 3種類で CWL v1.0 の仕様の実装がほぼ完了
- 既にワンバイナリで動く！
CWL v1.2 の怪しげな仕様を見つけたかもしれない(Dirent#entry)
業務でめんどくさそうな問題提起をした
- MFA 用の鍵は研究所として購入・管理・運用すべきでは？という話

末竹

tonkaz reboot
- background 何書くか問題
  - reproducibility とはそもそも何だったのか
    - developer が主張することなのか
    - グラデーション？
  - 欲しい物
    - 正しい結果 (provenance) を preserve する -> preserve は既にできている (CWLProv)
    - 正しい結果と今回の結果を比較する (test assertion の生成)
    - 差のあるなしを意味付きで表現する (diff)

石井

作図、ドキュメント中
- Diagrams.net 旧　Draw.io、SVG対応していてすごい便利
  - これを一発でとりこめた
1330を倒す作業に入りたい
ラップアップはおそらく会議ででれません、すみません。
明日は、CWL APAC mini conferenceです https://w3id.org/cwl/meeting_minutes
- 日本時間でいうところの１０時からですが、NZの時差が１時間１５？４５？分という、なかなかの状況でして、日本時間１０時で始まらない場合、日本時間10時15分開始になるとおもわれます。
- はじまるころに、slackで案内します。
次回はオンサイトで参加したい（と、毎度いっているきがする）

那須野

来週のハンズオンで使う演習教材のDockerコンテナ化など
- 題材はこちら→ The Littlest JupyterHub
  - インストーラ契機で実行される miniconda のインストールがなぜかタイムアウトして失敗（一時的な問題？）
昔のDockerはDockerfileに書いた CMD や ENV がそのイメージから docker run して docker commit すると消えてしまう仕様だった気がして（うろ覚え）、確認したいけどそんな再現環境は無いので困った。
- 再現コードをメモしておきます。

cat > Dockerfile <<EOF
FROM busybox
CMD ["echo", "aaa"]
EOF
docker build -t cmdtest .
docker run --cidfile=cid cmdtest
docker commit $(cat cid) cmdtest:committed
docker inspect --format='' cmdtest
docker inspect --format='' cmdtest:committed
docker run cmdtest:committed

新海

お知らせ - 今月6/10-11に第４回日本メディカルAI学術集会が開催されます - https://jmai2022.org/ - 参加登録: 6月８日（水）23:59 までとなっています。（もしご興味等ありましたらお気軽にお問合せ下さい）
久々の現地参加でした
- gtfとかいじってました
  - salmonのインデックスとしてはannotation.gtfが用いられてるとのお話、大田さんありがとうございます

山中

早く大井町でオフライン参加したいです