Pitagora Meetup 2022-07
概要
- 日時： 2022年07月07日（木） 10:00 〜 18:00
- 場所：
- オンサイト会場: 慶應義塾大学SFC研究所 みらいのまちをつくる・ラボ (大井町)
- https://oimachi-keio.com/access/
- 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方は Slack にてご連絡ください
- 対面参加をされる方は SARS-CoV-2 ワクチン接種を完了させる (2回目接種から2週間経過) ことを強く推奨します。
- COVID19 感染対策にご協力ください。
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-13:00 |
開発とディスカッション |
| 13:00-14:00 |
ランチ |
| 14:00-17:30 |
開発とディスカッション |
| 17:30-18:00 |
ラップアップ |
| 19:00- |
有識者会議 |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
鈴木
- 志波さんとミーティング: urban microbiomes in Japan
- プラスミド配列解析。DFAST の config ファイルを変更、tRNA遺伝子とオーバーラップするCDSが削除されないように。
https://github.com/nigyta/dfast_core/blob/master/docs/workflow.md#feature-optimization
feature_type_priority
新海
大田
- 家庭の事情で1pmくらいに撤収します、すみません、、、
- 来週月曜からISMB/BOSCのために渡米します、その準備でスケジュールが死んでいる
- 大bedtools祭開催中
- Yevis論文修正祭
末竹
- Yevis論文修正祭
- Sapporo-web 改修祭
- 正直やる気がない
- Nuxt.js 2 (Vue2) + Vuetify + TypeScript という技術スタックに限界を感じている。。。
- サポート切れそう
- Nuxt 3 (Vue3) はまだ RC レベル
- Vite + React + MUI + TSX に式年遷宮する技術力はあるが、やる気と時間はない。。。
- なんで開発・維持が大変か考えてみた
- そもそも frontend は描画は主で、logic は backend に任せるべきだが任せられない
- -> WES とか TRS とかよくわからん API を使わないといけないため
- -> 更に WES とか TRS が割と独自 field 持ってたりする
- Viewer 的なもの (Yevis-web) なのか Application 的なもの (Sapporo-web) なのかの違い
- 後者は、backend でガッツリやらないと実装無理感あるけど、頑張って無理やり作ってる
池田
- 以前に作成した変異検出用CWLのアップデート
- 動作の確認
- tool内部のdockerを更新した場合には
- cwlのjobパラメーター指定のためのyamlファイル作成方法について検討
志波
- 16時前に撤収予定です
- IIBMP2022「WS3 ワークフロー言語による実践的データ解析」の相談
- 上記に関連するGalaxyのワークフロー調査
- https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/variant-analysis/tutorials/sars-cov-2-variant-discovery/tutorial.html
- 上記のチュートリアルで紹介されているワークフローをテスト実行中
松尾
- オンラインで参加、家事都合にて17:00撤収
- 何かニーズのある技術情報の紹介でも定期的にしようかと思ってますので、何か聞きたいことありますでしょうか。。。？
- 持ちネタ
- Azure全般
- RedHatのOpenShift（Kubernetesに運用のためのツールなどを加えたもの）
ここがすごいぞAzure（AWSから乗り換えるべき理由）を聞きたいです!! (おおた)
→まずはそのあたりから開始してみるのが良さそうですね、書きましょう！！（松尾）
丹生
- 体調がよくないため書き残しのみ
- GakuNin RDM の中の人に Sapporo のデモをした
- インストールの手間がほぼないのが好評でした！
- RDM では
run ディレクトリ(実行証跡)を管理するのがいいのでは、という話をした
- バックエンドのエンジンからジョブスケジューラーにジョブをぶん投げたいらしい
- 試してフィードバックしてくれる人を募集するかも(動いた後の話)
石井
- ５４ｔｈ Workflow-Meetup２日目祭
- sftp祭
- 大量のデータを移動中
-b ファイル ファイルに書いたコマンドを実行する。バッチモードというのが、うまくつかえなかったので、標準入力から流し込むようにした。
- k8s祭, jupyterhub祭
- k8s上のJupyterHubを動かすデモをした。