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Pitagora Meetup 2022-08

概要

• 日時： 2022年08月04日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンライン: 参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
• Slack への新規参加他, 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• BOSC2022 振り返りレポートを書く
  • https://hackmd.io/lCVtAT5_Sr6Q8ZuTc71gxw
• IIBMP2022 に向けて CWL を書く
  • せっかくなのでどうやってCWLに書き直すかブログを書く？
• DDBJ Workflow Registry (yevis) にワークフローを追加していきたい
• デジタル庁接種証明書appのバグレポートをする
  • 接種証明書app は国内用と国外用のデータをQRコードで吐いてくれる
  • QRコードを読み取るとJSONのデータが出てくる
    • HL7 FHIR の仕様に則っているらしい
    • https://www.digital.go.jp/policies/vaccinecert/faq_06/
  • “name” というフィールドがあるが、「国外用」データなのに日本語で氏名が入っている
    • 英語氏名は「英語氏名 (フィールド名不明)」というフィールドに入っているらしい
  • 接種証明と連携するアプリ (e.g. 航空会社のアプリ) は通常の氏名フィールドを読む
  • 日本語の氏名が入っており、ボーディングパスの英語氏名とマッチしないためエラーが出る
  • 「国外用」なら氏名のデフォルトは英語で入れるべきなのでは？？？
    • 問い合わせたら「英語氏名は別のフィールドに入っておりどのフィールドを読むかは航空会社のappの仕様なのでこちらではどうしようもできない」などと言われた
    • 日本語の氏名を取るわけないでしょアホなのか

山中

• Rancher Desktop お試し中
• BOSC2022 振り返りレポートを読む
• メモ：cwltool –print-rdf

丹生

• shaft に njs を組み込みたい
  • D言語から njs を実行することはできた
    • importC がなんとかしてくれると思ったけど、そんな甘くなかった
      • importC: D言語のコンパイラに直接 C のコードを食わせる発想がおかしい機能
    • dpp がプリプロセスしたコードを手作業でいじる必要がある
      • dpp: D言語内に #include <stdio.h> とか書ける。#include 部分は dpp がD言語用の宣言に変換してくれる
  • コード整理して shaft に入れられるように作業中
    • やったぜ。
• GakuNin RDM とワークフローエンジンの連携に関するミーティングをしていた
  • RDM 経由で Sapporo を立ててワークフローを解析するという話をしている
  • 最終的に解析は NII 外の計算機に投げたいが、石井さんが言っていたはまりどころ(slurm + munge 周りの問題)が気になっている 　 ↑はどんな事なんでしょうか？(池田)

池田

• slurmクラスタのお勉強
• BOSC2022 振り返りレポートが面白い
  • covid-19の検査周りが大変参考になった
  • 搭乗72時間前の検査だと、検査後に感染したのは検出できないよね
• 諸事情で音声で参加できないのでhackMDのアップデートだけで失礼します

石井

• 各種問い合わせなどをした。
• なんか忙しくなってしまっていて、1330もすすまない
• ワークフローミートアップは、8/17(18)を予定しています。
• 仕様書を書くという次元にたどりついたようだ。。。この世界線はないとおもっていたのだが。

那須野

• 複数のミーティングと、運用担当しているサービスでの想定外の障害対応に追われて、Meetupに参加できませんでした。。
  • 20個ほどのVMが収容された物理サーバがPowerDownする事故があり、1個ずつVMを復旧させる作業を心を無にして遂行しました！

(石井追記：おつかれさまです！無の境地ですね！、今度そのときの話し言える範囲できかせてください〜〜)

↑ いや〜、お恥ずかしい。しょうもないミスもあり。。(那)