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Pitagora Meetup 2022-09

概要

• 日時： 2022年09月01日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
• Slack への新規参加他, 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• BioHackathon 高知に行くぞ
  • 晴れろ!!
• IIBMP2022 WS (9/13) の準備
  • nf を CWL に (泥臭く) 変換している
  • ログ: https://scrapbox.io/bcdeeiloprru/nf-core_%E3%81%AE_workflow_%E3%82%92CWL%E3%81%AB%E7%A7%BB%E6%A4%8D%E3%81%99%E3%82%8B
  • 2pm から発表練習

石井

• BioHackathon 高知行くぞ
  • 晴れて〜
• その他いろいろやっている。
  • cwlでplink2vcfを書こうとすると、plink 入力パラメータが、ファイルではなく、ファイルのprefixだったという問題があった
    • わりとあるある感があるので、丹生さんにきこうとおもったが、なんか自分で解決できたかも
    • arguments: --bfile $(inputs.in_bed.dirname)/$(inputs.in_bed.nameroot)
  • BH中には、
    • kubernetes　で、StreamFlow – Towards Cloud-HPC Continuumを動かしてみたい
    • ep3またはshaftも動かしてみたい
• 今後のカンファレンス情報
  • 明日(9/2 10:00- JST)は、CWL　conf APAC
  • 9/7,8は、Workflow Meetup @BH22.9
  • 9/12(Mon) 17:00 は、CWL APAC+EMEA

山中

• BioHackathon 高知行くぞ
  • 晴れてよかった！
• 大田さんとネタ相談できてよかった
  • データベースに大きな PG データを入れる
    • LDBC データ？
    • Uniprot データ？
  • はじめに Oracle Graph を使ってみるけれど
  • Apache AGE が目指す先なのではなかろうか
    • OSS の Postgres なので

末竹

• IIBMP2022 の準備
• Tonkaz reboot
  • 1. Sapporo + Yevis で Workflow Provenance を RO-Crate として吐く
  • 1. RO-Crate 内に、checksum や timestamp や、内容的なこと (mapping_rate, peak_num, etc.) を含めておく
  • 1. 再度実行時に、RO-Crate 同士を比較して、checksum が一致してないけど、どんな感じなのかを知らせる
  • RO-Crate が Json-LD とか schema.org ゴリゴリだから、Ontology 地獄に入門している

池田

• slurm クラスターにldapを設定
  • クラスタ内でldap未設定のノードでもJobが実行可能
    • 該当ノードでpsするとサブミットしたユーザーのuser idでjobが実行されている事がわかる
    • 各ノードではmunge と slurmdの設定ができればuser/groupの設定は無くても良いということかな？

丹生

• BioHackathon 高知行くぞ
  • ep3 と shaft を連携できるようにしたい
    • 現在の ep3 はコマンド実行は cwl-inspector ベースの実装
    • shaft:inherited-requirements 相当の機能が必要
• zatsu-cwl-generator の要望をもらった
  • default も設定してくれると嬉しい
    • この辺いじればできるはず
• shaft はシングルバイナリで動く…といいつつ、ShellCommandRequirement には sh が必要なことに気づく
  • 大抵の環境だと問題ないが、busybox などの切り詰めコンテナに詰められると動かない
  • 実用上問題ないはずなので sh 依存は諦める
    • 切り詰めコンテナで shaft を動かす場合、ツールは dind などで持ってくるはず
• SC22 用のポスターを作っていた
  • 例年 NII は展示ブースを出している
  • ep3 の話

鈴木

• zoomミーティング IIBMP2022 WS3 https://www.jsbi.org/iibmp2022-static/workshop/index.html
• 河合 洋介さんとの共同研究：プラスミドの系統解析