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Pitagora Meetup 2022-10

概要

• 日時： 2022年10月06日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
  • Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
• 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者: 9名

オンラインMeetupツールの検討

• Pesto が死んでしまうらしい
  • いつまで経っても課金が始まらなかったりサービス名変えたりと迷走していたがいいアプリだった
• 代替を探す必要がある
• 求める機能
  • 品質のいい音声通話
  • 画面共有
  • 必要があれば複数の部屋に分かれる機能
  • 気軽に出入りできるUI
• 結論
  • Discord をしばらく使ってみる

name	pros	cons
Zoom	すぐ導入できる、みんな慣れてる	気軽に入ったり出たりできない(気がする)
Discord	ボイチャという意味で一番UIよさそう	複垢できないのでゲーマーが死ぬ(アカウントスイッチャー実装待ち->実装されてた)
Slack huddle	気軽	2人以上は有料
Google meets	無料だしalt-Zoomとしては悪くない	Google社員以外誰も使ってない
Gather.town	ドラクエUI	25人以上になると有料(カンファレンス用に1日単位で課金もできる), 別にドラクエがしたいわけではない
jitsi	無料のalt-Zoom	自分でサーバ建てる必要あり
LINE通話	みんななんだかんだ持っている	リテラシが低い感じがする
Facebook messenger		FBアカウント共有するんか的な障壁
Apple FaceTime		Linux/Windowsがだめそう

大田

• Yevis のリバイズをやる
• BioHackathon Europe 2022 の出張準備
  • フライトが高すぎる
• BioHackathon-MENA 2023
  • サウジアラビアでハッカソンです 2023/02/07-2023/02/11
    • プログラム委員になってくれと言われたので快諾したが何をするかはわからない
  • 行きたい
  • 行けるのか
  • プロジェクト採択されると旅費と宿泊費を出してくれるらしい
  • 11/25 がプロジェクトの締切なので Sapporo/Yevis/Tonkaz で出してはどうか

末竹

• Yevis のりばいず
• 予算の諸々の事務手続き
• 午後から meeting が 2 つ
  • 家 -> 東大 -> Ascade という物理移動が発生している
• なので、wrap up いないですー

丹生

• Discord のボイスチャットでログインオンラインしていた
  • ルータ再起動で接続できるようになった
  • よくわからないけど動いた！
• BioHackathon Europe の準備をせねば
• CWL のステージング用のツール・ライブラリを作り始めた
  • https://github.com/tom-tan/core-wire

石井

• Slack ハドルミーティングが、無料枠が２人とは、、、
• Discordでよさそうなきもする。アカウント切り替えもあるっぽい
• その他、以前おおたさんとすえたけさんがはまったとおもわれる、ghcr.io で組織に対するコンテナpushの方法を伺った結果、pushできるようになるは、別件も進むはで大変たすかりました。
• docker login しているかのコマンドを知っている方いらっしゃいましたら、教えていただけるとうれしいです。

那須野

• 今週から2〜3週間ほど、東北の僻地（実家）でフルリモート勤務中
  • 山間部なのでドコモのBand19 (800MHz帯) つかんで電波強度( RSRP) が -110dBm を下回ることもあって音声通話も不安なレベル…。
  • なぜかKDDI回線のほうが良くて、巨大なイメージの docker pull とかしなければ普通に仕事できてます（？）
  • povo 2.0 の「データ使い放題（24時間）」（最大48時間使える）がありがたい（繰り返し購入するけど…）
• Google Meet
  • 弊社、Workspace 契約しているので対外的なmeetingには活用してます。通話品質は特に問題無し。
  • ブラウザベースで使えるのは良いが、それがむしろ使いづらい場面も。（デスクトップ全体共有した際の合わせ鏡現象）

池田

• Discord を初めて使ってみた
• Clara Parabricks 4.0を試す
• 衛藤さんのRNAseqChef素晴らしい
• 100話で心折れるスタートアップを読んでた

衛藤

• ソースコードとアプリのライセンスについて学ぶ
• RNAseqChefのDocker関連の整備
  • GithubにDocker imageを加える
  • M1チップMac用のDocker imageの作り方を学ぶ
• Tool開発に詳しい皆さんとお話しできて非常に勉強になりました！

山中

• Pragli に何があったのか気になります
  • Pragliは2022年1月に5Mドル調達しているのに、サービス終了でメンバー解散
    • https://www.crunchbase.com/organization/pragli
  • 100話で心折れるスタートアップ、みたいな感じかもしれない
    • https://togetter.com/li/1921341
  • 今後の説明に期待
• みなさんに拡散いただいたグラフデータベースの記事
  • 今になってなぜかアクセスランキングに入ってきたので感謝！
  • https://codezine.jp/article/detail/16539

西田

• https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable を試していた。
  • Table of Contents 内のほぼすべての項目に関する知識が必要となりそう。
  • そのお勉強のために。