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Pitagora Meetup 2022-12

概要

• 日時： 2022年12月01日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方は Slack にてご連絡ください
      • COVID19 感染対策にご協力ください。
    • オンライン会場:
      • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ
      • Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ
• 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者: 8名

#PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter2022

アドベントカレンダー、blog投稿の代わりにtwitterでの投稿をやる

- Adventカレンダー(twitter)、今年は
    - お題を２５個だせばよい。
    - #PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter

• starが多いのはこのワークフローだ2022
• ワークフローエンジン特集
  • このワークフローエンジンの発音はこう
  • このワークフローエンジンは、いつから、誰がつくっている？
• ワークフローレジストリ
• あるトピックの会話につなげていくという方向性

Spreadsheet で情報をまとめてテンプレートで投稿する: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Df9YRAlWN_yJvKW9KPAeSsISFqk2HgHv7CzWwLlML_E/edit?usp=sharing

1. advent twitterの進め方・紹介。
2. CWL
3. WDL
4. nextflow
5. snakemake
6. cwltool
7. nextflow
8. toil
9. cromwell
10. snakemake
11. galaxy
12. arvados
13. streamflow
14. shaft
15. airflow
16. cwl-tes
17. DNAnexus
18. SevenBridges
19. Illumina
20. sapporo
21. terra
22. dockstore
23. workflowhub
24. nf-core
25. ddbj-workflow-registry (yevis)
26. 最近動かした、動かしたい、気になるワークフロー
27. 和製ワークフロー一覧
28. ワークフローのテストについて
29. ぼくのかんがえたさいきょうのわーくふろーえんじん

山中

• PyCharm 無償版と VS Code の Oracle 拡張を試していました
• 私も、ひとり Advent Twitter、をやろうと心に決めました
• GDBP 2022 Dec 17 (Sat) 参加者募集中！

大田

• おパリに行ってきました
  • Sapporo の workflow run crate 対応をちょこちょこやっています
• BioHackathon MENA @ Saudi Arabia 参加します
  • プロジェクトのタイトルを寄越せと言われている
• 右膝の手術のため某大学病院に入院中, 術後6日目
  • 前十字靭帯再建
  • 内側半月板一部ロスト :cry:
  • 術後経過順調、リハビリ中
  • 本日の予定
    • 11:15- CPM
    • 14:30- お風呂
    • 15:00- リハビリ
    • 17:00- ラップアップ
• Atom が死んでしまって本当に悲しい
  • VSCodeに移籍する作業を入院中にできるかしら……
• spreadsheet に advent calendar 情報をまとめている

丹生

• BioHackathon Europe で作業した続き
  • schema-salad に突っ込んだ Dlang codegen を shaft で使えるようにしたい
    • 生成されたパーサは cwl-d-auto 経由で提供
• advent twitter: ep3 と shaft のどちらを紹介するか悩ましいところ
  • shaft
    • CWL v1.0 対応だが Workflow には非対応 (対応予定もない)
    • 「JS 処理系も含めてシングルバイナリ」というわかりやすい特徴がある
    • cwl-d-auto にほぼ対応済みのため、コードベースは多分安定
  • ep3
    • CWL v1.0 ほぼ完全対応 (ScatterFeatureRequirement と StepInputExpressionRequirement を除く)
    • まだ Extremely Pluggable になれていないため、これといった特徴ががが
      • CWL-metrics 拡張をほぼ標準で使えるのは利点だが、nested workflow だと動かない
    • 近いうちに大改造…というより全部書き直す (cwl-d-auto 対応のため)

池田

• お仕事してました
  • ということで、雑談しにきました
• 私の環境(M1 mac)ではDiscordのアプリ版の方が快適に使えるようです。

石井

• Intel MacBook Pro タッチバー？が謎の点滅をしたりしている。いまはおちついている。
  • タッチバーだけかたまったのを、再起動するというハックがあるらしい。
• いろいろ仕事をしている。
• 一旦、抜けてまた、参加予定。

今後のイベント

• 12/2(Fri) CWL APAC meeting 10:00 JST
• １２/7、8(Wed,Thu) workflow meetupやってます。 13:00 JST
• 12/12(MON) CWL APAC EMEA meeting 17:00 JST

最初のtweet(のはず) https://twitter.com/manabuishiirb/status/1598186645874171906

tweet1

#PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter2022

毎年アドベントカレンダーを行っていたため、ネタが枯渇してきました。
なので、今年は、ライトに参加できるように、twitterを使ってみようと思っています。

その他、ワークフローに関する質問、つぶやきたいこともあれば、このハッシュタグで。

tweet2

#PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter2022

毎日なにか１つのお題をだすので、そのしたに、そのお題に関して、知っていることや質問、気になるところを
書いていただければと思います。

tweet3

#PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter2022
ハッシュタグは
お題の候補は、https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Df9YRAlWN_yJvKW9KPAeSsISFqk2HgHv7CzWwLlML_E/edit?usp=sharing

tweet4

#PitagoraWorkflowMeetupAdventCalendarTwitter2022
目標としては、毎日のまとめを一枚のページにして、アドベントカレンダーにもなるようにできたらなとおもっています。

那須野

• 社内のコードレビューとかしてたら、夕方になってしまいました。
• Oracle Database の公式コンテナイメージがあったことを山中さんから教えてもらった。
  • Express Editionは結構自由に使えるらしい
  • docker pull container-registry.oracle.com/database/express:latest
  • Oracle9i 辺りで知識が止まってた…。（現在は21c）
• Oracleのウェビナーが（Property Graph 機能の話だけでなくOracle Database自体の部分も）面白かったので、第2回 (12/8) も申し込まないと…。

末竹

• 博論が来週末提出
  • 体裁を整えて最後に conclusion を書いている

At least in 2017, when I was actually writing scripts in ShellScript and performing analysis, data analysis was often not straightforward.
After managing large and diverse data, selecting and installing multiple tools, and preparing a computing environment, one can finally write a script and execute it.
However, it is like a ``Rube Goldberg machine'' (in Japan, ``Pitagora switch''), and it usually does not work on the first attempt.
Ultimately, data analysis using such scripts had many problems unrelated to the purpose of the analysis itself, such as inefficiency and error-prone.

新海

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