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Pitagora Meetup 2023-01

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ過ごし方ガイドをご覧ください。

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

variantのannotationを検索するためのDBのパフォーマンス強化を検討
- MySQL -> Document Store, Memcached と変遷して、現在RocksDBを評価中
- http://rocksdb.org
  - python-rocksdb 0.7.0　は　RocksDB v7.0に対応しない
  - https://github.com/NightTsarina/python-rocksdb <=こっちは大丈夫

今年もよろしくお願いします！
- 今日は非番です
退院しました、リハビリを頑張っています
サウジアラビアビザ取得チャレンジ大成功
- めちゃくちゃ面倒でした、後日blogに書いて後世に残したい
- アルゼンチン代表のシャツを着ていくべきか否か
Sapporo x Tonkaz x RO-crate の議論をやっていく
- https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service/pull/32
yevis 論文の revise を今日やりきる
「生命医科学向けスパコンユーザの会」というオンラインフォーラムを作るアイディアがある w/ tayo 熊谷さん
- QAフォーラム的な？
- slack/discord的なものよりは discourse 的なもののほうがよい？

昨日、Defence をやった
- なんとか無事に
  - 博論の本文の revise を指示された
    - 「Expert review (共著者からでも良い) を博論の本文に書け」とは :thinking_face:
Yevis, Tonkaz revise を頑張っている
- Yevis から、GitHub / Zenodo を引き剥がすという、肉を使わない焼き肉みたいなことをやってる

今年もよろしくおねがいします。
DAZNのインパクトが強い
サウジにいって、７のユニフォームを買うというのをやってみたかったが、、、
ansible
- LDAPの設定はなかなか怖い
  - わりとかんたんに一発
ドキュメント書き作業中
- markdown から docxに変換する方法についてちょっと詳しくなる
  - https://hackmd.io/FW2HXEARQ3qgQZRLEHPbzQ
- pandocから直接PDFにいくより、いったんdocxにして、それからPDFにしたほうがよさそうか？
- markdownからどれだけいつだつしないか？VSCodeのPreviewからの乖離がどれくらいあるかなどはあるが、今後はこの方法を試していきたい。
- ちなみに、plosone用にdocxに変換するテンプレートもあった。
CWLについても、入力に１０００ファイル程度渡すと、バインド以外にも、コマンド組み立てが大変っぽいし、ARG_MAXがたくさんでも実は、singularityが受けられる長さの限界があるようだったり、そうなるとコンテナ内のコマンド自体もどの程度まで受けられるのかというのも気になるという状況である。
- ただこの状態にはまるまでは特にtoilに大きな問題はなかった。とおもわれる。小さなtipsはあったが、ソースを書き換えるほどではなかった。