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Pitagora Meetup 2023-04

概要

• 日時： 2023年4月6日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 来月から対面での開催を復活させてハイブリッドにしたいが場所をどうするか？
  • どこかから予算を引っ張ってきてアクセスのいい会議室を借りる？
• Ventura アップデート祭り
  • Apple Silicon のマシンでDocker遅い問題を解決すべく macOS のバージョンを上げよう祭り
  • OS上げてないマシンをお持ちください

大田

• 午後から参加です
• 4月から色々環境が変わったので事務作業等々で破滅している
• ISMB/ECCB 2023 の CoFest のお手伝いをしている
  • https://www.iscb.org/ismbeccb2023
• MBP (M1 Max) を Ventura にアップデート中
• RO-crate の実装を早急に終わらせる必要がある
  • https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service/pull/32
  • TODO:
    • input output オブジェクトは実際のファイルを参照するのではなく formalParameter オブジェクトを別に作ってそちらを参照する (めんどい)
    • タームの整理をする
• EU BH のプロポーザルもやらねば (4/10締め切り)
• ISMB/ECCB の発表のプロポーザルもやらねば (4/20締め切り)

山中

• 最近 Monterey にアップデートしました。
• 今晩のセミナーのデモデータ作りに CWL を使いたかったのですが、間に合いませんでした。今後、引き続きこのテーマに取り組む予定です。
• 今日はあまり参戦できないですが来月は楽しみです！

丹生

• core-wire いじり
  • 主要な機能の実装が終わったので、ドキュメントを書きつつリリース準備
  • リリースしました！
    • アップロードはまだ未実装
    • ダウンロードは secondaryFiles などもうまいこと扱ってくれる
• VSCode の Github Actions 拡張を試してみた
  • 利点
    • VSCode 上で Actions の状況を確認できる。地味ながら便利
    • VSCode から Actions のキャンセルもできる
    • Summary が見れるかは未確認
  • 課題
    • 色分けはイマイチ
    • Tag push 起点の Actions は VSCode から確認できない
      • タグを付けて push することでリリースするワークフローにしていると、結局ブラウザで確認することになる
    • 各ジョブのログはそれぞれ個別に確認できる、ジョブ内のステップはすべてひとまとめのログとして見えてしまう
• いつのまにか VSCode に Remote - Tunnels が実装されていた
  • サーバー側の VSCode CLI と連携して ssh なしでうまいことやるらしい
  • 参考: https://forest.watch.impress.co.jp/docs/news/1462989.html

石井

• 家のwifi WXR2533DHP2 これをなんとかしたい
• BH EUのproposalのたたき台を読む
• yevisのGitHub Actions実行時のコンテナのバージョンをどうするのかを、質問しようとしている。
• chatgptに敏捷性に関するトレーニングについて質問したところ、自分としては検索したくなるトレーニング「イカリング」というものをすすめられました

  • ラダー・ドリル: フラットラダーや線を使って、様々な足の動きを練習しましょう。例えば、「イカリング」（両足をラダーの外から内へ入れ、次のスペースへ移動しながら進む）、「アウト・イン」（片足ずつラダーの外から内へ入れ、外へ出しながら進む）などのドリルを行います。各ドリルを30秒間行ったら、1分間の休憩を取り、合計3セット行います。

  • 動画のおすすめはできないとのことで、youtubeで、「ラダー　イカリング」で検索しろと言われたのですが、プログラム用語的な「シーケンス図、ラダー」の解説が多くでてきました。
  • 最終的に英語のキーワード「ladder icky shuffle」 で、おそらくこういうことだろうという動画がでてきました。
  • 目標設定が続くためにはよいとのことで、「具体的な目標（例：50メートルのスプリントを6秒以内で走る）」このような例を出してきました。
  • プロンプトエンジニアリングが必要かもなぁという感じでした。

池田

• クラスタのslurmをアップデート
  • 意味不明なエラーが解消 slurm 23.02.1
  • slurmd[937]: slurmd: error: Security violation, ping RPC from uid 6403 0

新海

• 色々と細かな仕事をやっています
• discordがつながるネットワーク環境だと嬉しいなぁという辺りです

末竹

• 4月から色々環境が変わったので事務作業等々で破滅している (営業・総務・経理担当)
  • オフィス
  • 社会保険
  • 税金
  • etc.

那須野

• 23年度もよろしくおねがいします！
• 年度明けたのにいろいろ立て込みすぎて Ventura アップデートできておらず、、。