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Pitagora Meetup 2023-05

概要

• 日時： 2023年5月11日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• 突然思い立って弾丸帰省してました :volcano:
  • 午後になると時差ボケがひどい
• 10am, 5pm から打ち合わせで抜けます、すみません
• 倫理講習が終わらない
• ミートアップ用の物理の場所を探してみる
  • 近々日本橋理研の様子を偵察に行ってみる
    • 理研のシステム変更で客員だと借りられないようになっている？
  • ランチ集合、ランチ後に貸し会議室でミートアップ、夕方にラップアップして有識者会議、貸し会議室はカンパと研究費とスポンサーを募るという新フォーマット？
• やること
  • 帰省中に Tonkaz 論文が publish された :tada: ので事務的なことをする
    • DOIレコードの出版日が間違っているっぽいので出版社に問い合わせた
    • こういうのも手入力なのだろうか、、
    • DOIの元レコードはこれで取れる curl -sLH "Accept: application/json" https://doi.org/10.1093/gigascience/giad031
      • abstract とか reference も取れるの知らなかった
    • ウェブサイトに掲載するニュースの原稿を ChatGPT に書いてもらった、論文のアブストを渡して翻訳して要約してもらうだけで終わりなので人生が捗りすぎる
      • https://dbcls.rois.ac.jp/ja/2023/05/11/post1.html 出た
  • BHの旅費を確保する (グラント申請書を書く)
    • 自然言語で書かれた実験の情報を構造化するタスクをLLMに解かせる仕事をやろうとしているけれど、誰でも思いつく話なので一捻りほしい
  • RO-crate の fix で待ってもらっているのでさっさと片付ける
    • 既存のコードを GPT4 に修正してもらうタスク、元のコードのボリュームや複雑度はどこまで対応できるのだろうか

松尾

• （雨なので子供のお迎えに早めに出るのでラップアップは失礼します）
• ２２時くらいに一度寝て、起きてサッカー見ていたら緊急地震速報、ねむい
• 業務としては提案活動のサポートをしています、四半期末とかは提案が多いので忙しい
• 自身のソリューションに対する考え方の整理も兼ねて、クラウド採用のポイントについてドキュメントを書いてみようと思っています、書けたら共有します
  • 観点を整理する
  • 各種クラウド比較・Azureの強み
  • 例えば研究者が採用することを考えて、気になるポイントは何か
    • ソリューションのわかりやすさ
    • 決済の仕組み
    • など

石井

• いい感じに絵文字をいれて、年齢を感じさせない体裁の文書にしたい。ちなみにしたのものは、石井が作成したので、年相応感がでているとおもわれる。
• :computer: NIGのスパコン環境で、toilをつかうとするとき、venv以下にインストールするとすると、ログインノードと、qloginした先とどちらでおこなうのがよいのでしょうか？
  • 実行時は、結構なファイル数（数十万ファイル、１４３GB）をコピーしたりするっぽいので、qloginしたさきかなとおもうのですが、、、
• :soccer: 大田さんのmoveをみならってサッカー観戦するか？とおもったが、最近１２時をまわっておきていられず、、、
• :milky_way: Galaxyをいじっている。
  • なんか、デットロックしている気がするのだが、、、ライブラリを再コンパイルしたほうがよいきもするのだが、、、焦ってもよい結果はうまないので、ドキュメントを眺める。:surfer:
• :signal_strength: 先月のピタゴラのときに、なすのさんに教えていただいたAX-1800HPを何も考えずにぽちっとけばよかったのだが、なんかちょっと横をみているうちに結局一ヶ月何も買えず。
  • 現状Wifi6に対応している機器は家の中に少なさそうなので、AX-5400HP(WX-5400HP)で2,3年もつかな？と考えている。
    • さきほどなすのさんより背中をおしていただき、無事にぽちることに成功:tada:
    • おおたさんレポートありがとうございます！！:bow:
    • すえたけさんとTOGOTHON帰りにお話できたものよかったです、ありがとうございます!!:bow:
    • 11000と7800T8も検討したけど、、、
• :ledger: いろいろな書類整理をしなければならない気がしている。。。:zombie:
• :wastebasket: 毎年４月になると、タスク管理ツールなにかないかなと思うが、結局、紙と物理的な付箋におちついている。:boom:

末竹

• オフィスが setup できた
  • 7 人までなら作業できる
  • 総務・経理作業をしている
• https://www.aterm.jp/product/atermstation/product/warpstar/wx11000t12/
  • これを買おうかなと思っている (with フレッツ光クロス)
  • https://www.amazon.co.jp/dp/B0B4MF1YKP

那須野

• Docker for Mac (v4.16以降) でx86ベースのコンテナをエミュレートする際、Rosetta 2で高速化できるらしいとのことで、macOS 13 Venturaへのupgrade前に現状の性能を測定しておきたい。
  • Features in development > Beta features から、 Use Rosetta for x86/amd64 emulation on Apple Silicon を有効化できるようになる。（Montereyでこの設定は無い）
  • ベンチマークに何を使うか？（お手軽にできるのがよい）
    • Sapporoの cwltool/attach_all_files は macOS 12 (M1) だと fastqc が終わらない…。
    • docker run --platform linux/amd64 のコンテナ内で sysbench するくらいで十分かな
      • emulationだとCPU speedの結果が出ないなー
    • stress-ng を --metrics 付きで実行してbogomipsを確認するのでもよさそう
• Azure CSPライセンス契約の必要に迫られていて、Indirectモデルで間接リセラーの登録をしなければならず、なかなか面倒で止まってる…。

丹生

• core-wire いじり
  • file -> file の場合にコピーではなくリンクを使う --file-use-symlink を追加
    • v0.3.0 としてリリース
    • 内部的には実装していたがオプションに追加し忘れていた
• 雷がすごい
• gTLD として .zip が使えるようになったらしい
  • https://twitter.com/anon5r/status/1656341740968886273
  • 悪用されやすそう

石井追記 curl https://xslx.zip 結果

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