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Pitagora Meetup 2023-09

概要

• 日時： 2023年9月14日（木） 10:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

• 参加者7名

大田

• 開発の仕様書を書く => 書きます…
• BioSample のデータのキュレーションに Llama2 を試したい => まだ
• EasyNER を試した w/ DBCLS池田さん @ Togothon
  • text -> [EasyNER] -> entity (gene, chemical, cell line, disease)
  • BioBERT を HUNER corpora で finetune している
  • finetune しないでより多くの attribute に対応したい

丹生

• 発注のスコープを決める
  • DDBJ Search に IaC 的な仕組みを導入したい
  • 心温まる手作業滅ぼすべし
  • 決まらんかった
    • 必要そうな情報書き出したらスコープ広すぎ

池田

• クローン検索システムのUI設計

末竹

• at028 - at031 (NIG sup.-com. for Spr.) の現状を確認する
  • suecharo-ut で gw すらログインできなくなっていた
  • よくわからないので、ssh 公開鍵の更新をかけている
    • 待ち
    • -> 入れた
  • 確認できた
    • Sapporo 確認は明日する
• DDBJ の Search 周りのそれら
  • Java が出てくると、ちょっと身構える
• 閉鎖解析環境 on AWS の準備
  • 踏み台 node
    • Ubuntu Desktop
    • Inbound: RDP only
    • Outbound: Squid only (Proxy Server)
  • 解析 node
    • Ubuntu Server
    • Inbound: ssh from 踏み台 only
    • Outbound: none (data のやり取りは S3, analysis software install は proxy 経由)
• NII RCOS 周りのそれら
  • 研究 project を標準的な形で package し、validate するとは？
  • NII Application Profile に口出している
• BH でやる tomato について想いを馳せる
  • Proxy and bookmark service for URI (include file://)

松尾

• 提案活動に勤しんでいます
• 社内ではAzureに詳しいフリをしてます
• 進めていた案件がポシャったので打ちひしがれています
• なにか面白いネタ探してまたきます

ネチェス

• Workaround for Snakemake bug implemented & tested
• pandas -> polars
• Fix awful quadratic scaling for ANI clustering
• Resource use estimation
• Sketching out a new teaching plan
• Research proposal development

石井

• 別のプロジェクトに出ていて、、、、at028-at031について手をつけられなかった。
• Discordも参加できるか微妙です。 x

那須野

• Togothonに参加表明していたにもかかわらず、今日は出られなくてすみませんでした。