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Pitagora Meetup 2023-10

概要

日時： 2023年10月5日（木） 10:00 〜 18:00
場所：
- オンライン会場:
  - Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

幹事: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ過ごし方ガイドをご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-13:00	開発とディスカッション
13:00-14:00	ランチ
14:00-17:30	開発とディスカッション
17:30-18:00	ラップアップ
19:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

参加者8名

大田

MeDIA 論文の revise 確認を大至急終わらせる
- やった
Sapporo の紹介を京都でやるシンポジウムでやることになったのでプレゼンを作る
- やっている
Joint Workshop for EGA, dbGaP, and JGA に参加登録した
Sapporo の review が永遠に終わらない問題
- F1000 よ…………
- と言っていたら Iacopo がレビューしてくれた！ありがとう！！
  - https://f1000research.com/articles/11-889/v1#referee-response-185836
Parabricks workflow の neko-punch をやりたい
- ので Yevis 登録を手伝う
来月以降の meetup について
- （案）Bio x LLM 勉強会(仮)と併催

Register CWL workflow to Yevis vs relative path to refer workflow files

ワークフローを登録する人に予め cwltool --pack してもらう方針で
なぜ？
- 相対パスで依存を書いていると Zenodo などに移管したときに壊れてしまう
- URLで依存を書いているとリモートファイルが更新されたときに変更が入ってしまう
ToDo
- Yevis のドキュメントに追記する => suecharo

山中

Wrap up を聴講する
何時がいいですか？おおた
いつもの時間でお願いします！
じゃあ17:00で
:+1:

松尾

提案活動が暇な時期に入ったので、オンライン研修で外国の人とグループワークしています
AzureとかRedHatのOpenshiftとかの有識者のふりをして生きてます
- 何か質問とかあれば。。。

末竹

今日は昼までです
- 朝 discussion
schema_salad の Issue を片付ける
- https://github.com/common-workflow-language/schema_salad/issues/747
  - ようわからんから、log を残して、michel さんにお伺いを立てた
Yevis docs update
- https://github.com/sapporo-wes/yevis-cli/blob/6411de7d3a823d717d61d29591f59c681e8705be/docs/getting_started.md#311-describe-metadata に書いてあった

那須野

会社としてですが、AzureのCSP(Cloud Solution Provider) ライセンスを取得しました（間接リセラーとして再販可能なタイプ）
- Microsoft Cloud Partner Program から法人プロファイルの承認プロセスがあり、かなり手こずりました。
  - ブラウザは Microsoft edge (Win版推奨だがMac版でもいけた) を使わないと正常に表示できない、など
MFA必須のサービスが増えてログインする度に使うスマホアプリ (e.g. Google Authenticator) が面倒になってきたので、全部 TOTP 対応の CLI に移行すべきか悩み中。
- oathtool
  - brew install oath-toolkit
  - oathtool --totp --base32 {シークレットキー} | pbcopy
  - サービスごとのシークレットキーをどこで管理するか？
    - パスワードマネージャ（のセキュアメモなど）に入れる？
      - → 結局取り出しが面倒…
      - パスワードと同じ場所に置いたら、2FAの意味はw
- totp-cli
  - brew install totp-cli
  - シークレットキーは ~/.config/totp-cli/credentials に暗号化して保存される
    - → これをバックアップしないと、とか…
  - コマンド実行の都度、キーストアのパスワード入力が必要 (ssh-agent的なのがあれば)
- 1Password CLI
  - 普段 1Password を使っている人にはかなり便利そう

池田

Wrap upの頃、コロナワクチン接種してます（多分）

丹生

実は Podman で SIF コンテナが動かせる？

https://www.redhat.com/en/blog/expanding-podman-capabilities-deploy-sif-formatted-containers
内部で OCI コンテナにしているっぽい

4.6.2 であれば苦もなく動かせる

$ podman run -t sif:godlovedc_demo_lolcow.sif
WARN[0000] "/" is not a shared mount, this could cause issues or missing mounts with rootless containers
Getting image source signatures
Copying blob 0ad7292ab5b5 done
Copying config a71e681d6e done
Writing manifest to image destination
 _______________________________________
/ You'll wish that you had done some of \
| the hard things when they were easier |
\ to do.                                /
 ---------------------------------------
        \   ^__^
         \  (oo)\_______
            (__)\       )\/\
                ||----w |
                ||     ||

石井

GPUノードでのテストを行っている最中。
- 途中会議がはいってしまい、すすんでいません。。。すみません。。。
各種書類も整備中。。。 -　１１月から、タイムゾーン？時間が１時間かわるあれがあるようです。名前を思い出せない。。。日本以外の会議するときに気をつける必要があるかもしれない。 -　summer time