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Pitagora Meetup 2024-03

概要

日時： 2024年3月7日（木） 13:00 〜 18:00
場所：
- オンサイト会場:
  - 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
  - COVID19 感染対策にご協力ください。
- オンライン会場:
  - Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

幹事: 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ過ごし方ガイドをご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
技術情報を共有する
- twitter に post する
- ブログを書く
関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
  - hashtag をつけて twitter で
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

参加者7名

大田

Sapporo 論文の revise を終わらせて共著のみなさんに共有する
CWL conference 2024 の宣伝を各方面にする (トーク3/15締め切り)
- 5/14-17 in アムステルダム
- ぜひ発表しましょう!!
  - NCGM pipeline benchmarking
    - NIG x Sakura team で発表したい！
  - neko-punch を発表するのがいいかも。大田がやる。
BOSC 2024 in 🇨🇦 の abstract 準備 (4/19締め切り)
- tataki?
オープンバイオ研究会の発表のネタを考える

末竹

D-FAST replace の設計をする
- 現 ver が凄まじいことになっている

福井

tataki abst準備
- https://hackmd.io/@fmaccha/HJfPTjra6
あとでgoogleのmagikaも試してみたい
- 対応している拡張子
- バイオインフォファイルにはちゃんと対応していない
- MIMEも出せる

$ magika -r .
empty: Empty file (inode)
toy.bam: gzip compressed data (archive)
toy.fa: Generic text document (text)
toy.sam: Generic text document (text)

        "output": {
            "ct_label": "txt",
            "score": 0.9890256524085999,
            "group": "text",
            "mime_type": "text/plain",
            "magic": "ASCII text",
            "description": "Generic text document"
        }

(おおた追記)

福井さんと一緒に既存手法について調べた
file コマンドに magic パターンを与えて拡張するプロジェクトがあった
- https://github.com/lindenb/magic
- 生まれる時代が早すぎた感
- file コマンド (というかmagic) の仕様で、最初の数ブロックでパターンが一致すると返却される
- 迅速検査には使えるかもだけど正確性は微妙
galaxy の内部に python コードで埋め込まれているものもあるが単体で使えない

丹生

CWLCon 2024 で共同研究ネタを話す！
Nginx がフォークした影響が怖い
- shaft が内部で Nginx サブプロダクトの njs を組み込みの JS 処理系として利用している
- 最近発表された llrt や、そのバックエンドの QuickJS が代替か？
  - llrt は Rust、QuickJS は C 言語製
  - QuickJS は njs と同様の方法でなんとかなるかも
    - あと少しで動きそう！動いたら記事にする
    - これに引っかかった。あと少しなのに！
- CWLCon での Hackathon ネタとして nodejs/njs/QuickJS の速度比較は面白いかも
NII のサービス内部で使ってる Terraform も fork した
- 調査・代替案を考えないといけないかも
  - (那須野コメント) Hashicorp製品として、他に Consul, Vault があって、これらは代替がまだありません…
  - HashiCorp共同創業者M・ハシモト氏、退職を明らかに
D言語までフォークした
- 空前の fork ブーム…？
- 代替が C++ くらいしかないため、なくなると困る
  - Rust はメタメタしいことをあまりできない印象なんですけど、どうなんでしょう？ (具体的にはこれができてほしい)

池田

ChatGPT や GitHub Copilotを利用したプログラム作成の支援について意見交換

石井

CWLCon２０２４何を話そう。toilまわりかとおもいます。
自分をforkしたい気持ちがあるが、効率は本当にあがるだろうか？
- おそらく、疎ならよいかもしれない。
- 合流したら先に進まないのではないか、、、
sapporoとか、テストとか認証まわりとか、開発環境の話
- かけるテストは過不足なく（厳し目）に書いておくのがよいのだろう。
ワイアレスsidecarがよくきれてこまっています。。。
- ipad似合わせてOSをあげる？
- できればクラムシェルでつかいたいのだが、それ以前になぜか不安定。
- 軽量のディスプレイとワイアレスHDMIをかってみようかなとおもっています。（バッファローがだしていたかとおもっていたがちがったようだ）
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なぜか作業はかどるので不思議なダンジョンRTAの５の動画をつけっぱなしにしている。みてはいなくて、ほとんどきいてもいないかも。
- 上記リンクの一本目の最初３０秒位でバグの仕込みから始まっている。
- 一度もやったことがないが、シレンとトルネコはなぜかできる気がしている。ポポロはちょっとむずかしそう。
- ４月になったら、シレン６買ってみようかなと思い、シレン６の動画はまだみていない。

那須野

年度末! ということで、、ラップアップから合流しました！