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Pitagora Meetup 2024-05

概要

• 日時： 2024年5月9日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場: 東京都品川区 貸し会議室 (最寄り駅: JR五反田駅)
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

末竹

• https://github.com/dbcls/backup-system の残された機能の開発を進めていた
  • 「それっぽいのは書けるが、結局環境次第だよね」って感じになりそう
  • んー

大田

• Sapporo論文のrevise作業
• WESのデータハンドリングを向上させる何かについて考える

福井

• tataki new featureの実装
  • feature
    • stdinから読む
    • 圧縮形式もいけるようにする
  • TDD (Test-Driven Development)でtucuru
  • 超デカ FASTQ or SAM のテストデータを作りたいからread simulator等を調べている
    • 学生の頃はartを使った気がする

池田

• お仕事

石井

• 15:00までは、CWLCon2024の novice tutorial に参加
• その後、オフライン会場で作業
• 来週オランダなので、進められるところは進める必要あり。。。