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Pitagora Meetup 2024-06

概要

• 日時： 2024年6月13日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

末竹

• DDBJ-Search 作業
  • 引越作業はだいたい終わった
  • RunDeck という job 実行管理システムのそれをしないといけないが、network とかの問題が起こっている気がする
• 見積書を書いたりしていた

大田

• Sapporo 論文の revise をアップロードする
  • した
• 学内 Sapporo 環境構築のための仕様書を書きます
  • CWL の input.yml や nf-core の nextflow_schema.json に対して相互変換可能な generic workflow input schema を定義したい（できるのか？？）

那須野

• お仕事案件の提案書を書いてました。
• Public Repositoryで開発されているOSSのセキュリティ対策について知りたいです（上記案件とは関係ありません）

福井

• 少し仕事 (eBPF文献読み)
• BOSC2024 Lightning talk 用のスライド作成

池田

• お仕事でvueを使ったインターフェイスの改良
• Clara parabricks(v4.3.1)の検証を行う予定だったが時間切れ
  • GATK 4.3対応, minimap2が高速化

丹生

• オンライン参加
• rootless podman の検証作業
  • --user するとバインドマウントしたディレクトリに書き込みできない

    $ podman run --rm -it -v $PWD:/workdir -w /workdir --user vscode mcr.microsoft.com/vscode/devcontainers/python:0-3 touch foo
    touch: cannot touch 'foo': Permission denied
    

  • VM から移行したような複数ユーザーを含むコンテナでは問題になりうる
  • --userns=keep-id を使うとある程度はうまくいく場合がある

    # 1000 はコンテナ内の vscode の uid, gid
    $ podman run --rm -it -v $PWD:/workdir -w /workdir --user vscode --userns=keep-id:uid=1000,gid=1000 mcr.microsoft.com/vscode/devcontainers/python:0-3 touch foo
    

    • Ubuntu 22.04 の Podman 3.4.4 では --userns=keep-id:uid... がサポートされていない
    • Ubuntu 24.04 + Podman 4.9.3 ではうまくいく
  • 最新の Podman 5.0.* で検証するためにインストール
    • 公式ドキュメントに一部不備 (依存パッケージの記載不足・設定ファイルのダウンロード先がリンク切れ)
    • 修正したが動かぬ

      $ podman run --rm -it alpine sh
      ...
      Error: OCI runtime error: crun: unknown version specified
      

  • おとなしく Podman 3.4.4 でコンテナ内 root か、Podman 4.9.3 でコンテナ内シングルユーザー前提の運用を考えたほうがよさそう