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Pitagora Meetup 2024-07

概要

• 日時： 2024年7月11日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• 7/1付けで千葉大学データサイエンスコア副ダイレクターを拝命しました
  • Webページはおろかまだロゴもできていない
  • ダイレクターは西内啓さん
• ISMB2024 準備
  • 日曜に出発して土曜に帰ってくる
  • モントリオール、時差-13hでちょうど昼夜逆転するっぽくてつらそう
• ラボの鯖缶と発注関連のコミュニケーション
  • クラスタマシンのユーザグループ管理 via NIS がよくわからん
  • ノード間で伝播される情報とそうでないものに差がある？？
• tataki 0.4.0-alpha の dogfooding
  • bioinformatics file format の闇……
  • BGZF という厄介なやつ
• 祝 Sapporo 2.0 リリース
  • https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service
  • GET /runs?cached=true&run_ids=hoge,fuga,piyo とか
  • dogfooding をやる

那須野

• Hashicorp製品のライセンスがBSLになったのに伴って、代替プロダクトの調査
  • Terraform
    • OpenTofu
    • Terraformのforkなので同一のコマンドライン体系で使える
    • provider pluginの提供状況に関しては不明（不安?）
  • Consul (主にKVS利用)
    • etcd
    • KVS用途ならREST APIも一通り使えるし、問題なさそう
    • 具体的なAPI利用などを含めた機能比較はChatGPTにお任せ
  • Vault
    • OpenBao
    • 基本的にVaultのforkなので問題なさそう
    • ChatGPT (略…
• 引っ越し準備が大変 (特に某光回線がね…)

末竹

• 経理作業や来週の Canada に思いを馳せていた
• 開発中の DFAST-rebuild に Sapporo 2.0 を組み込んだ
• 最近の minio を触ってみていた

横山

• Snakemake tutorialやる
  • https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html
• Sapporo 2.0 キャッチアップ
  • trivial なんですけどREADME.mdの “Differences Between Sapporo Service 2.x and 1.x”. のリンクがbranch mergeに伴って飛べなくなってますね
    • tree/sapporo-2.0 を消せばいいだけ
      • -> 直しました (suetake)
  • pull req送ろうかなと思ったけどpull req制限されてた
    • -> ちょっと確認します (suetake)、多分 fork してやればできると思うのですが、詳しい状況を聞きたいです

福井

• 引越ししました。徹夜して炎天下を歩いたのでまじで死にかけました
• tatakiのv0.4.0-alphaをプッシュ
  • 使用感の確認を行った (w/ ohta-san)
    • https://github.com/sapporo-wes/tataki/issues/6
      • コメント行しかないファイルがBEDファイルに判定されてしまう
      • 二重に圧縮されたファイルが実行エラーになる (e.g. .bam.gz)
      • vcf.gzは、.gzの拡張子だが実のところBGZFフォーマットなので、「GzipされたVCF形式」ではなく「単にVCF形式」と出力してしまう。
        • BGZFはtataki内部では特別扱いしている

池田

• Reactの復習
  • vite
  • Typescript + swc で開発環境の構築
  • 各種React Hooksの整理
    • 状態管理には　recoil を使え!!
    • useEffectを　vueのライフサイクルフックとして利用する

丹生

• rclone の使用方法の調査
  • 遺伝研スパコンのノードから NII ノードの後ろにある s3 バケットをいじる、という若干トリッキーなことをしたい
  • VSCode + Remote SSH + Jupyter extension という変態構成で検証 + ドキュメント作成
    • サーバー上にある Notebook を VSCode 内から編集・実行できる。意外と便利
  • 調査・ドキュメントの記載は一通りできた
    • あとは他のみんなが頑張って、DDBJ のメタデータをうまいこといい感じにやってくれるはず
  • 世代オプションはないらしい
  • (那須野コメント) Google DriveをオンプレとかAWS S3などにバックアップする目的で調査したことがあります。普通に使えそうな感じでした。Golang single binaryなのが（導入も楽で）よかった。

ISMB2024 tataki presentation