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Pitagora Meetup 2024-09

概要

• 日時： 2024年9月5日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• 10/30 (水) AM に University of Melbourne Centre for Cancer Research の Sehrish Kanwal さんがセミナーをしてくれることになりました
  • 沖縄の APBJC の帰りに東京に寄ってくれるということで……
  • Cancer research に関連する workflow, infrastructure の内容です
  • 場所を現在探し中です (築地国がんとか理研AIPとかがいいかなと思っています)
• BH Europe 2024 Barcelona のスケジュールを決めて飛行機を取る必要がある
  • 航空券手配中
• Sapporo F1000 のリバイズをやらねばならん
• Slurm でユーザごとに投入できるノードに制限をかけるという設定に以外と苦戦している
  • sacctmng 地獄になるかもしれない
• QNAPのS3互換ファイルサーバを買おうとしているが、LAN内のKeycloakで認証通してSapporoの入出力先にする、みたいな使い方ができるのかどうか知りたい (ベンダーに聞くべきかも?)

末竹

• dfast 実装続き
  • 大体実装できたけど、wf の outputs を user が書き換えたいという、要件が出てきたのでどうするか迷い
• https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas/issues/220
  • 返事を書いてる

那須野

• 来週9/11 CloudWeek2024@Hokkaido University の「OpenHPC+Open OnDemand 体験ハンズオンセミナー」の準備中
  • slurmのnode stateがidle以外の場合の復旧方法がstateによって違うので、セミナー中のサポート手段を用意しておきたい
    • ほとんどのケースは state=resume でupdateできそうな気も。
• Azure MySQLの9月強制アップデートに伴い、古めのSpring Bootで実装されたAppのDB接続でTLSv1.2対応が必要になり、内包のMySQL Connector/Jのドライバの入れ替え作業など
  • マネージド・サービスを使う場合はこういう事態に注意（覚悟）が必要ですね
• 無事に某光回線を解約＆設備撤去できました！

横山

• 本格的にお仕事でSapporoをつかう気運
  • 現職、普段は受託Dry解析サポートマンだけど今月後半くらいからシステム構築のタスクを徐々にやっていきます
  • 空間発現解析やったり論文まとめをツイートしたりしながら生きてる
• Sapporo 2.0 の周辺理解
  • https://github.com/sapporo-wes/sapporo-service
• https://hackmd.io/@suecharo/H1I5y65iR
  • 認証系とSPAとデータレイヤーの連携ドキュメントありがたい
  • 上記参考にローカルでKeyCloack, MinIO立てて遊んでみる（た
  • https://github.com/authts/react-oidc-context
  • AWSでぜんぶやっちゃうならCognitoで認証+AmplifyでSPA構築・デプロイしてS3と連携、とかでもいいんだけどバックエンドのサーバーはオンプレにあるので認証〜データ保持もオンプレでやれる選択肢はもっておきたいので引き続き検証します

石井

• BH24.08の国際版バイオハッカソンで、一緒にintermine作業を行った Russel さんと、paper.mdの更新
• バルセロナ行きの航空券をとりあえず手配。
• 認証系ファイルアップロード・ダウンロード問題にコメント
  • 署名付き URL の使用 - Amazon Simple Storage Service
  • 24時間で切れる署名付きURLを作成して、とりあえずやってみるのは？
    • minioにもあるらしい
    • すでに議論していた。ファイル単位で、フォルダではないのがちょっと残念だが、強いトークンを発行しなくてよいのと、もれたとしてファイル単位と考えることもできる。