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Pitagora Meetup 2024-11

概要

• 日時： 2024年11月15日（金） 10:00 〜 16:30
• 場所：
  • オンサイト会場:　みらいのまちをつくる・ラボ - 慶應義塾大学SFC研究所（東京・大井町）
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-16:00	開発とディスカッション
16:00-16:30	ラップアップ
17:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • SNS に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

鈴木

• Bactopiaパイプライン（prokkaでゲノムアノテーション、PIRATEでパンゲノム解析、iqtreeで系統樹推定）を実行するスクリプトを作成中。
  • https://bactopia.github.io/latest/bactopia-tools/pangenome/
    • https://github.com/bactopia/bactopia/issues/573
  • https://github.com/tseemann/prokka
  • https://github.com/SionBayliss/PIRATE
  • http://www.iqtree.org/doc/Tutorial
• 第2回プラスミド研究会「プラスミドの網羅的データベース構築に向けて」 2024年12月24日（火）13:00-18:30／25日（水）9:00-12:30 https://www.nig.ac.jp/nig/research/nig-meetings?id=1614

山中

• MetaSub のお話を聞きました

大田

• ラボクラスタに入った Open OnDemand のドッグフーディングをしていた
  • パッケージが全部 /usr/local 以下に入るっぽいので困る、なんとかする

池田

• Variant の解析ツールのデバッグ
  • intron 上の insertion のvariantをDBに登録する際の不具合
  • hgvsの記述がそもそも誤っていた
    • 例: NM_xxxx.x:c.nnn+3insACGTACGT <=これでエラー
    • 上記の表記がそもそも間違っていて正しい表記はNM_xxxx.x:c.nnn+3_nnn+4insACGTACGT

那須野

• 午前中、鈴木さんのMetaSub のお話を聞きました
• Open OnDemandが実際に便利に使われている運用環境を初めて見ました！（大学内のクラスタ）
  • Slurmクラスタと組み合わせた構築ハンズオンは何度もやってましたが…
  • @大田: 内部限定公開サーバのLet’s EncryptのSSL証明書をDNS認証で取得するなら、発行時にTXTレコード _acme-challenge.example.jp でドメインの所有権さえ証明できればよいはず。
• Google Workspaceでデータの保存先リージョンを指定することができるか？
  • リージョンの選択肢は、米国 or ヨーロッパ or 指定なし の3つ
  • Business Standard以上のエディションで可能 (最安の Starter では不可)
  • マルチリージョンレプリケーションみたいな指示はできない
• 洋食ブルドック(大井町) https://maps.app.goo.gl/RDV8fvQdAnmCbAnMA

露崎

• あるプラスミドがホスト（細菌）内部に取り込まれるかどうかを、実験をせずに塩基配列ベースでまず予測したい
• 両者の塩基配列をk-mer頻度ベクトルに変換した上で、マハラノビス距離を計算すると、正解ペアが上位にランキングされる（鈴木さんの研究）
• この解析を再現するSnakemakeワークフローを構築（大変）
• 今日やったこと
  • README.mdの整理（デモデータの用意、実行の仕方等）
  • リファレンスデータの構築が再現できるか確認（ホスト多すぎ）

    [Fri Nov 15 14:09:35 2024]
    Finished job 2304.
    1 of 44427 steps (0.0%) done
    [Fri Nov 15 14:09:35 2024]
    Finished job 21317.
    2 of 44427 steps (0.0%) done
    [Fri Nov 15 14:09:35 2024]
    Finished job 6262.
    3 of 44427 steps (0.0%) done
    ...
    

• 4コア指定すると1つだけ以下のエラーが出る（Singularityが入ってないノードがある？、module loadでsingularityのVerを指定するとうまくいった）

    Building DAG of jobs...
WorkflowError:
The singularity command has to be available in order to use singularity integration.

• デモデータの用意（Zenodo） - データを追加するためにはVersionを上げないといけない - 前回のVersionでのファイルは、自動的にコピーされない（Importボタンを押さないといけない） - 前々回以降のVersionのファイルはImportできない - => Importを押し忘れたせいで、2.9GBファイルをZenodoからダウンロードし、再度アップロードするというバカみたいな作業に（現在アップロード中、5%で止まってる、理研で作業しないとダメかも、何回かトライするとうまくいく）
• 参考
  • 実験コード: https://github.com/kokitsuyuzaki/maharank-workflow
  • 公開予定のワークフロー: https://github.com/kokitsuyuzaki/MahaRank
  • デモデータ: https://zenodo.org/records/14166834