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Pitagora Meetup 2025-06

概要

• 日時： 2025年6月6日（金） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

那須野

• iCloudプライベートリレー
  • VPNではないが、2段階ホップでWebアクセス（経路）のプライバシーを保護
  • リレーサーバとしてApple運用と、他CDN（Cloudflareなど）の2つを経由させて、元の経路 (src/dest) を隠す
  • この分野で一般に広く普及した Tor (The Onion Router) は通常3ホップ以上
  • マルチホップ/ダブルホップのVPNサービスもあるか？
  • 他に、ブロックチェーンの概念を取り入れた Nym プロジェクトなどがある
• syslog の logrotate を1か月分 (weekly x 4世代) で設定していた環境で Logwatch の daily メールを2年分保持していたら、「ログの保存期間は2年間です」と言い張れますか？ (#とあるセキュリティ監査にて)
• Ollama + Qwen3 を手元の Macbook Pro で触り始めた

大田

• アスケイドさん会場提供ありがとうございます！
• 最近サボっていた https://pitagora-network.org/events/ の更新とか
  • 7月は3日（木）、8月は1日（金）、9月は4日（木）
• NIIでやっていた RDM ontology のお話を聞いた、非常にいい仕事なのでリアルワアルドでもっと使われるとよい
• タイでやったハッカソンの論文を書いていた
• 遺伝研スパコンのフェアな利用形態（大規模ユーザとかGPUとか）について思いを馳せていた

横山

• 開発したシステムのマニュアルをpandocで作成、markdownでPDF書けるのは便利
• システム開発落ち着いてきたのでまたmeetup 参加できるようになりそうです
• slurmのキューにnextflow jobを投げまくったらサーバーのメモリが足りなくなるが、根本的原因がわからないのでさらに前段にAWSのSQS キューを置いた（元々あったものを活用した）、負荷のお守りが難しい
• バイオハッカソン@福井に前半だけ参加を画策（申し込みました

末竹

• 税理士先生と mtg してた
• BioProject の metadata を LLM で正規化するという project を始めていた
• 最近、Cline + OpenAI API (o4-mini) を少し試してみている
  • 案外お金かかる
  • Typescript + React の元々書いたコードのリファクタリング
    • 「useEffect 内で雑に api request 投げてるのを、custom hook にして」
  • read 権限しか付けてない
    • -> 慎重派らしい
• VSCode 以外の editor 使いたくない

福井

• 税理士先生と mtg していた
• 雑務だけしかできなかった。。
  • カフェのドキュメントみていた
  • お客さんのサーバーのIPMIを確認していた
• ChatGPT o3を最近積極的に使ってみている
  • だいぶ意図を汲み取ってくれるしo4-mini-highより速いし良い感じ
  • ただ質問内容がプロプラ関連だったりするので回答がよくない

池田

• M1 Macbook Pro の LM Studioを試す
  • qwen/qwq-32b: そこそこ動く
  • google/gemma-3-27b: これも十分に動作する
  • DeepSeek-R1-0528-Qwen3-8B-Correct-GGUF/DeepSeek-R1-0528-Qwen3-8B-BF16.gguf: 動作はするが非常に遅い
    • M1でBF16がサポートされていない事が要因では？
  • deepseek/deepseek-r1-0528-qwen3-8b: 十分実用的 思考の途中経過が出力されるのが素敵

石井

• いろいろあって、現地参加できず
  • 現地参加したかった（近くにケバブが食べれそうなところまで調べたのに、、、Arabic Restaurant & Cafe Abu Essam）
• LM studioで、いろいろ試したい。
  • いくつかのモデルを落として、なにかつっこんだりはしてみた。
  • clineに接続する直前まではセットしたがそこでとまってしまっている。。。
  • ドキュメント生成などで期待しているが、どうだろうか？
  • いろいろあり、OCRソフトも探している。とりあえずvflat scan
• cline + claude 3.7 でいろいろやっていたが、copilot の claude 4.0 も悪くなさそうな感じもある。この場合、どうやってプロジェクトの情報を読ませるかなどはがあるが、ちょっとしたリファクタリングとかは、よさそう。claude code とかclaude code actionとか試してみたいのだが、、、claude pro のclaude 。
  • 根本的に石井が遅いため進まないという状況
  • task分解するとかよさそうなのだが、分解方法もいくつもあり、なかなか。。
  • ドキュメントの管理部分がどんどんコストになっていく印象。
    • コードは安く作れている気がする。
  • おそらくさきほどの話は石井もおこった
    • 実装A->実装A’->実装A問題
    • テストが失敗したので、テストを書き換える
    • プログラムの後ろが切れる。ドキュメントの後ろがきれる。
      • この状況になったら新しいチャットにしたほうがさそう。
  • MCPをつっこみたいがまだ組み込めていない
  • playwright
• Aqua Voiceがなかなかよい
• BHいくので、LLMコーディングのお話をみなさんとしたいです。
• Workflow meetup予定
  • 7/2(水)
  • 8/6(水)
  • 9/3(水)