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Pitagora Meetup 2025-09

概要

• 日時： 2025年9月4日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

大田

• レビュー依頼をやっつけなくてはならない
• GCPでGPUインスタンスを立てたい（GCP何もわからない）
  • 大学で別途 google アカウントを発行しないといけないっぽいことが発覚した………またも一回休み
• 悪意wf検出LLMプロジェクト: プロンプトを設計している w/ 福井さん
• Sapporo とかで採用しているゲノム界隈のクラウド標準規格を作っている GA4GH のカンファレンスに呼ばれたので来月スウェーデンに行きます
  • なんも準備してなくてやばい
• 先日学内の vibe coding hackathon なるイベントに参加して、小学生の漢字テスト対策アプリを作った
  • Zed の Agent mode でやった、llama で local llm 立ててオフラインLLM開発もやってみたけど claude sonnet 4 と比べるとかなり見劣りする……やはり課金するしかないのか
  • レポジトリはこちら
    • プロンプトと返信のログがmdで吐けるので残しておけるのがとても便利だった、VSCodeにもあるのかどうかは知らない

横山

• NBRPゲノムリソースの調査・まとめ
  • バイオハッカソン国内版きっかけでお仕事もらえてうれしい
• Iso-seq解析環境構築
  • https://github.com/nf-core/isoseq
• RStudio Serverでのハンズオン環境用意
  • 臨床の先生向けにいろんな大学とか研究所でR/Pythonの無料ハンズオンセミナーをやっています

那須野

• とあるOSSのソースコードリーディング（改修要件のための調査）

池田

• Amazon Cognito の概要調査
  • ユーザー認証のライブラリにAWS　Amplifyを利用するかな？
    • マネージドログイン機能で日本語が普通に使えるようになった
  • IDトークンとアクセストークンの違いは何だ?
    • アクセストークンはIdentity Provider APIにアクセス（passwordの変更など）に利用
    • IDトークンを利用してAWSのクレデンシャルを直接発行できる　S3への一時アクセルクレデンシャル付与など（IAMロールが結びついた一時クレデンシャル）
      • アクセスの粒度を細かく制御するならAPI経由の方が良い
  • IDトークンとアクセストークンの有効期限は1時間
  • サインアウト処理の実装について要考慮
  • セキュリティーを強化する機能が存在
    • 漏洩した認証情報が利用されていないか確認することができる
  • Amazon CloudTrailにログが記録される
    • ただし、ユーザーの情報はクロスアウトされるので（CloudTrailから特定の情報を消去するのがこんなんなので、最初から残さないように配慮されている）、ユーザー名を残したければ、Lambdaを利用して自分で対処する必要がある

福井

• 悪意wf検出LLMプロジェクト: プロンプトの設計
• オライリーのこれが気になっている

末竹

• たくさん疲れちゃった
• https://humandbs.dbcls.jp の面倒を見ている
  • とにかくデータが良くない
  • LLM でデータを抽出したりしている
    • ローカル LLM の知見が高まったため
• 初めてのにゅうさつ
  • https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/chotatu/I20250822-0905.pdf
    • 令和７年度に東海・北陸地域の「役務の提供等」のＡ、Ｂ、C 又は D の等級に格付けされている者
    • why?

よくないデータの例 (公開データ)

• 下が、Materials and Participants という、同じ header の cell に書いてある
  • DB とは？
  • 下のデータで、組織とかサンプル数で filter かけられるような UI を作りたいとか言われても。。。