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Pitagora Meetup 2026-04

概要

• 日時： 2026年04月10日（金） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

那須野

• AWSの S3 Files を試した。
  • 内部的に Amazon EFS の技術をベースにしており、NFS プロトコル（v4.1+）を介して S3 バケットをマウントする仕組み、らしい。
  • いくつか準備が必要（はまりポイント）：
    • S3バケットのバージョニングを有効化しておく
    • IAM 権限に AmazonS3FilesFullAccess 等のポリシーが必要
    • S3 で「ファイルシステム」を作成する → ファイルシステムとマウントターゲットの作成完了まで1分程度
      
    • EC2作成時のストレージ設定で、EBSのルートボリュームに加えて、「ファイルシステム」/ 「S3ファイル−新規」を指定できるようになる
      
    • S3ファイルシステムのマウントターゲットのセキュリティグループ設定で、inbound 2049/tcp を許可
      • ソースはEC2インスタンスのセキュリティグループIDを指定
  • マウントコマンド: mount -t s3files fs-xxxxxxxx /mnt/s3/fs1
    • amazon-efs-utils パッケージに /sbin/mount.s3files が新たに追加されている
    • df の見え方はこんな感じ ↓ （8エクサバイト!!）

        ~# df -h /mnt/s3/fs1
        Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
        127.0.0.1:/     8.0E     0  8.0E   0% /mnt/s3/fs1
      

  • EC2上で書き込んだファイルがS3のWebUIで見えるまでに2分程度かかった
    • レイテンシではなくスループット重視の思想か

大田

• 今週は色々なタスクが降り注いでてんてこまいでした (です)
• てんてこまいです。。。
• Claude code のステッカーを自作した

福井

• tatakiのparserを増やす話。
• aist仕事
  • repo内に多数あるmarkdownの内部リンクが壊れていないかをAIに確認させるのが楽
• これがほしい https://www.lg.com/jp/monitors/gaming-monitors/39gx950b-b/?srsltid=AfmBOooQQh3GjvY1Lr0pT20f0-fODtvKjjsYsWzr4-5jrTYOBkkTzwSI
  • -> お前いつもモニタかってんな、目は2つだぞ

末竹

• dfast beta
  • https://dfast-beta.ddbj.nig.ac.jp
  • 今月中に移行したい
• sapporo ちゃんを遺伝研スパコン + slurm + ddbj account で deploy する
• search の deploy とか
• qwen3.5:32b が MoE model だから、以上に gpu memory の使用率が少なく、H200 とかで 128 並列とかで動かしても落ちないという知見

池田

• 既存のemail文書からQ&Aの抽出をローカルで実行するための環境設定
  • Gemma 4 31B を利用予定
  • 環境は整えたがmodel のダウンロードが終わらない