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Pitagora Meetup 2026-05

概要

• 日時： 2026年05月14日（木） 13:00 〜 18:00
• 場所：
  • オンサイト会場:
    • 人数制限があるため、オフライン参加を希望する方はお問い合わせください
    • COVID19 感染対策にご協力ください。
  • オンライン会場:
    • Discord: Pitagora / Workflow Meetup Japan サーバ

問い合わせ

• 幹事: 大田 tazro.ohta [at] chiba-u.jp

タイムテーブル

途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。

Time
13:00-13:15	今日の作業確認
13:15-17:00	開発とディスカッション
17:00-18:00	ラップアップ
18:00-	有識者会議

ミートアップの主旨

• データ解析ツール・ワークフローを共有する
  • ソフトウェアをコンテナ化する
  • Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
  • ドキュメントを書いて GitHub で公開する
• 共有されたツールやワークフローを実行する
  • うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
• 技術情報を共有する
  • twitter に post する
  • ブログを書く
• 関連OSSプロジェクトにコミットする
  • SNSで質問する
    • hashtag をつけて twitter で
  • プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
  • Issueを立てる
  • Pull Request を送る
• その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める

まとめ

末竹

大田

• Sapporo WES / Yevis TRS / Tataki-Porkchop verification の E2E testing をやりましょうの話をした
  • GA4GH cloud workstream で porkchop の紹介をしたらウケた
  • WES の paper を書いている
• 去年タイでやったアジアバイオバンク連帯ハッカソンの続きを企画している@シンガポール
• エーアイフォーなんとかに応募するための仕事を色々している
• 7/6 (月) 17:00 〜 18:30 に千葉大クラフトビールのセミナー + 終了後の試飲会をやります @ 西千葉キャンパス

那須野

• Meetup 中にオンライン会議 2 本
• GA4GH Passport と DRS の概要把握
  … 既存のIdP、ストレージ管理層との連携可能性を想定して
• SURF Research Cloud / Waldur の概要把握
  … 研究者向けのセルフサービス型ポータル / その基盤ソフトウェア
  • SURFはオランダの「大学共同利用機関法人」のような組織らしい（日本のROISみたいな？）
• BH26.6 申込（未）

福井

• porkchopの話
  • E2Eのための実装を進めたい気持ち。CLI化とか。
• バイオハッカソンの登録
• 最近扱うdotfilesが増えてきて管理に困ったのでマシン間でdotfilesの管理ができるchezmoiを導入してみた
  • 便利そう
  • あとvscodeが重すぎるのでzedを使い始めた

池田

• Box を利用してファイルを配信するツールの設定
  • アプリケーションのIDをコラボレーターとして設定する必要がある点が盲点だった
• Gemma 4を利用したメイルからのQ&A抽出
  • Gemma 4 31BとGemma 4 26B A4Bを利用した結果
  • Gemma 4 26B A4BでJSONの出力にGemma 4 31Bでは発生しなかった数件の問題が発生
• 最近zedユーザーになったら割と快適