Pitagora Meetup 2022-04
概要
- 日時： 2022年04月07日（木） 10:00 〜 18:00
- 場所： フルリモート
- オンライン参加 (Pragli) のURLは Pitagora Slack で告知します
- Slack にはどなたでも参加できます。こちらからどうぞ。
- 不明なことがあれば遠慮なくこちらへどうぞ： 大田
t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
タイムテーブル
途中参加、途中退出は自由です。初めて参加される方はぜひ 過ごし方ガイド をご覧ください。
| Time |
|
| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-13:00 |
開発とディスカッション |
| 13:00-14:00 |
ランチ |
| 14:00-17:30 |
開発とディスカッション |
| 17:30-18:00 |
ラップアップ |
| 19:00- |
有識者会議 |
ミートアップの主旨
- データ解析ツール・ワークフローを共有する
- ソフトウェアをコンテナ化する
- Galaxy や CWL などを使ってツール定義、ワークフロー定義を書く
- ドキュメントを書いて GitHub で公開する
- 共有されたツールやワークフローを実行する
- うまくいったこと、うまくいかなかったことを記録する
- 技術情報を共有する
- 関連OSSプロジェクトにコミットする
- SNSで質問する
- プロジェクトの Gitter channel があればそこで聞く
- Issueを立てる
- Pull Request を送る
- その他データ解析に関わる人々の日々の暮らしが豊かになる開発を進める
まとめ
新年度あけましておめでとうございます
来月は 5/12 木曜を予定しています
大田
- 今年度もやっていきましょう、パンデミック終息祈願
- BH EU proposal を書きます => 書いた
- Sapporo の論文を進めます => 進めている
- DeepLでいい感じに翻訳してくれそうな日本語を書く -> DeepLで英語にする -> Grammary に文法を直されながら英語を直す みたいなことばかりしている
池田
- 今年度もよろしく
- GPGPUサーバーがちゃんと設置されたので試運転中
- Oxfordのnanopore用Basecaller guppyは確かにGPGPUで高速にBase callできる
- なしではBasecallできないくらい
- Q20のキットを利用するとQ値はたしかに向上するが、InDelの誤りはそれなりに存在する
- Clara Parabrics
- インストールまでは終わった
Bare metal installation is supported for Ubuntu 18.04 only- Serverは
VERSION="20.04.3 LTS (Focal Fossa)"なのでDockerで利用することとした
- ということで、これ以上はできないのでチュートリアルのサンプルデータをダウンロードして、key file待ち
$ docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
parabricks/release 3.7.0-1.ampere fa72c07dc4f1 10 minutes ago 7.52GB
山中
丹生
- 今年度もよろしくお願いします！
- shaft いじり
- 計算ノードにポン置きして動かせるようにしたい
- File 周りと array 周りを一通り実装
- 90 fail, 21 skipped, 5 pass
- 5 pass は多分
should_fail: true のテスト (単に動いてないのを誤判定している)
- Parameter Reference を実装すれば conformance test #1 が倒せそう
末竹
- よろしくおねがいします
- yevis 論文とスライド
那須野
- この meetup に参加して 7 年が過ぎました。皆様、引き続きどうぞよろしくお願いします。
- 研究データを長期保存するための方式やその基盤の開発などに関する文脈で出てくるツール群について見ている。Zenodo とかも同類？
- https://www.datalad.org/
- https://gin.g-node.org/
- ベースはこれ → https://gogs.io/
- おおた追記 (フレームワークというよりレポジトリ)
- https://www.datadryad.org/stash
- https://figshare.com/
- OSF: https://osf.io/
鈴木
- よろしくお願いします。
https://twitter.com/iibmp2022
2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)では、JSBi会員の皆様よりワークショップ企画を公募いたします。
下記リンク先の要項をご確認のうえ、奮ってご応募ください。
https://jsbi.org/iibmp2022-static/submission/index.html#WorkShop
受付締切: 2022年4月22日(金) 18:00
石井